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======简介====== 疾病STR分析 ======功能====== 分析疾病数据微卫星,得到vcf格式的结果; ======脚本使用====== **1. 配置文件:** <code> 环境变量:source /TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/hanyue/new_bash_profile/0118/disease_bash_profile 配置脚本: python /ifs/TJPROJ3/DISEASE/share/Disease/LobSTR/lobSTR.py --sampleID S1 --fq1 MSIH_1_N_MSIH_1_N_rawdata_L2_1.clean.fq --fq2 MSIH_1_N_MSIH_1_N_rawdata_L2_2.clean.fq --format fq --out /TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/hanyue/06.gaoji/STR </code> 运行脚本: <code> sh /TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/hanyue/06.gaoji/WES.X101SC21114747-Z01-J001.STR.20220406/STR/cmd.sh sh 刷脚本; 进入样本文件夹sjm先投递lobSTR_GSC_210518_T.job </code> ======交付结果====== vcf文件; 注释结果; 示例路径: /TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/hanyue/06.gaoji/WES.X101SC21114747-Z01-J001.STR.20220406/STR/GSC_210518_T/lobSTR_GSC_210518_T/vcf
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· 最后更改: 2023/03/22 06:09 由
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