跳至内容
售后
用户工具
登录
站点工具
搜索
工具
显示页面
修订记录
反向链接
最近更改
媒体管理器
网站地图
登录
>
最近更改
媒体管理器
网站地图
您的足迹:
sv
编辑本页后请点击“保存”。请参阅
syntax
了解维基语法。只有在您能
改进
该页面的前提下才编辑它。如果您想尝试一些东西，请先到
playground
热身。
媒体文件
======简介====== 单菌框架图SV结果中，客户想要根据SV变异结果位置，找到参考对应gff文件中覆盖的基因名称，找到样本对应gff文件中覆盖的基因名称 ======功能====== 写脚本处理SV结果文件，到参考的gff文件中获取覆盖的基因名称，添加到SV结果文件的最后一列，然后再到样本的gff文件中获取覆盖的基因名称，添加到SV结果文件的最后一列。 ======数据准备====== **1. SV结果文件：** 06.Comparative_Genomics/SV/SV*/*.SV.xls **2. 参考基因组gff文件：** 参考.gff **3. 样本基因组gff文件：** 样本.gff ======数据分析====== **1. 参考gff覆盖基因：** 根据SV变异结果位置，找到参考对应gff文件中覆盖的基因名称，添加到SV结果中的最后一列，以逗号分隔输出 <code> perl /TJPROJ5/META_ASS/16s/chenjiawei/script/danjun/gxh/SV-GFF-pipei/pipei.pl *.SV.xls 参考.gff </code> 对生成的文件重命名 mv new-SV.xls *-new.xls **2. 样本gff覆盖基因：** 根据SV变异结果位置，找到样本对应gff文件中覆盖的基因名称，添加到SV结果中的最后一列，以逗号分隔输出 <code> perl /TJPROJ5/META_ASS/16s/chenjiawei/script/danjun/gxh/SV-GFF-pipei/pipei2.pl *-new.xls 样本.gff </code> 对生成的文件进行重命名 mv new-SV.xls *-new2.xls
保存
预览
取消
编辑摘要
当您选择开始编辑本页，即寓示你同意将你贡献的内容按下列许可协议发布：
CC Attribution-Share Alike 4.0 International
sv.txt
· 最后更改: 2023/04/10 08:32 由
chenjiawei
页面工具
显示页面
修订记录
反向链接
回到顶部
