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======简介====== Tajima’s D是由日本研究员Fumio Tajima创建的群体基因检验统计数据,可以用于区分DNA序列是随机进化还是受到自然选择。大于0代表群体观测杂合度高于预期杂合度,稀有等位基因频率降低(群体收缩或者平衡选择),小于0说明群体观测杂合位点少于预期值,稀有等位基因频率增加(群体扩张或者低频选择) ======功能====== 群体基因检验统计,计算Tajima’D值 ======数据准备====== 1 群体的vcf文件/ --gzvcf 压缩格式的群体vcf 文件 ======数据分析====== 脚本示例 : vcftools --vcf 20F.vcf --TajimaD 500000 –step 250000--out TajimaD <code> /TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/liangjifeng/QunTiJinHua_afssale/TajimaD/TajimaD_major.sh </code> 结果解读: 结果目前只输出统计结果表格:四列: <code> 第一列:CHROM ,计算窗口所在染色体/scaffold, 第二列 :BIN_START,窗口起始位置, 第三列 :N_SNPS ,窗口中的SNP 个数, 第四列 :TajimaD ,TajimaD计算结果。 </code>
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· 最后更改: 2023/04/03 03:32 由
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