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vfdb数据库更新
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====== VFDB数据库更新 ====== ===== 一、数据库更新说明 ===== 以2022年12月份VFDB官网下载(http://www.mgc.ac.cn/VFs/download.htm)的最新的数据库文件进行更新(VFDB_setA_pro.fas.gz与VFs.xls.gz)。 ===== 二、数据库路径 ===== <code> /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/VFDB_v2022 </code> ===== 三、测试路径 ===== <code> /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/VFDB_v2022/example/ /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/VFDB_v2022/example2/ </code> ===== 四、运行脚本及注意事项 ===== <code> perl /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/VFDB_v2022/bin/Advanced_Annotation_analysis.pl \ --project /TJPROJ5/META_ASS/meta/mengyanliang/X101SC21102787-Z01/X101SC21102787-Z01-F012/cfx-20220816 \ --Rinfo /TJPROJ5/META_ASS/meta/mengyanliang/X101SC21102787-Z01/X101SC21102787-Z01-F012/cfx-20220816/pj.list \ --step c \ --notrun # 需要在05目录放一个FA_List/, 现在流程的FA_List/在03.GenePredict中,跑完流程会删除,需要重新生成一下 </code>
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· 最后更改: 2023/01/10 03:59 由
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