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====== 基于abricate软件的virulencefinder搭建 ======

===== abricate简介 =====

abricate 是tseemann开发的一个很方便的工具，可以对细菌基因组 fasta 数据进行扫描，获得其基因组携带那些毒力基因和耐药基因结果。软件包含数据库，不需要自己再额外下载构建，数据库包括：

* vfdb: 基于vfdb毒力基因数据库  
  * argannot: 基于argannot耐药数据库
  * plasmidfinder: 基于plasmidfinder用于质粒扫描
  * ecoli_vf: 基于大肠杆菌毒力基因
  * megares: 基于megares耐药数据库
  * resfinder: 基于resfinder耐药数据库
  * ecoh: 用于大肠杆菌O/H抗原分析
  * ncbi: 基于NCBI的耐药数据库
  * card: 基于加拿大CARD耐药数据库

abricate官网：[[https://github.com/tseemann/abricate]]

virulencefinder数据库官网：[[https://bitbucket.org/genomicepidemiology/virulencefinder_db/src/master/]]

====== 使用方法 ======
# 新建一个虚拟环境运行 abricate
<code>
conda create -n abricate
conda activate abricate
</code>
我们已经创建好了conda环境，可以直接调用
<code>
source /TJPROJ1/META_ASS/soft/anaconda3/bin/activate abricate
</code>
最关键的有:
<code>
--db 使用指定的数据库，默认是软件安装环境的db库中的ncbi。--datadir还可以跟换db库的路径。
--minid DNA identity阈值设置，默认是80%
--mincov DNA coverage 阈值设置，默认是80%
--summary 可以将批量的结果报告整合到一个表格中
</code>
（2）运行命令行
<code>
#默认使用，注意需要用“>”将结果记录
abricate input.fasta >out.tab
# 选择其他数据库 vfdb
abricate -db vfdb input.fasta >out.tab
# 批量扫描生成结果
for i in *.fa; do abricate --db card --quiet $i > ${i%.fa}.result; done
abricate --summary *.result > result
cat result
# 用parallel 加速并行结果
ls *.fa | parallel --max-args=1 abricate --db vfdb -q {1} > vfdb.result
less vfdb.result
</code>

** 创建自制数据库 **
假设您想创建自己的数据库，名为tinyamr。 您所需要的只是一个核苷酸序列的 FASTA 文件，例如tinyamr.fa。 理想情况下，序列 ID 的格式为 >DB~~~ID~~~ACC~~~RESISTANCES，其中 DB 是tinyamr，ID 是基因名称，ACC 是序列源的登录号，RESISTANCES 是表型 报告，DESC 可以是任何文本描述。
<code>
% cd /TJPROJ1/META_ASS/soft/anaconda3/envs/abricate/db
% mkdir tinyamr
% cp tinyamr.fa sequences  数据名称要求为sequences
% head -n 1 sequences
>tinyamr~~~GENE_ID~~~GENE_ACC~~RESISTANCES some description here
% abricate --setupdb
% # or just do this: makeblastdb -in sequences -title tinyamr -dbtype nucl -hash_index

% abricate --list
DATABASE  SEQUENCES  DBTYPE  DATE
tinyamr   173        nucl    2019-Aug-28

% abricate --db tinyamr screen_this.fasta
</code>

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