======分子分型分析（CMS）=====

====分析背景====

分子分型（Molecular Classification）是一种通过对样本或患者中的分子特征进行分析和分类的方法。该方法利用分子生物学和生物信息学技术，以及大规模高通量测序、基因组学、转录组学、蛋白质组学等数据，将样本或患者分成不同的亚群。利用CMScaller软件，根据每个纳入样本的基因表达谱，计算该样本的CMS归类。CMScaller是微环境非依赖性结直肠癌共识分子分型软件，该软件提供结直肠癌临床前模型的共识分子亚型(CMS)分类，还包括一个用于评估和可视化结果的小函数集合。核心算法是Yujin Hoshida [Hoshida 2010]提出的最接近模板预测(NTP)算法。

====代码====


CMScaller

https://github.com/Lothelab/CMScaller

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new <- read.table("~/Desktop/gene_fpkm.xls",header=T, sep='\t', quote='', row.names = 1)
res <- CMScaller(new, RNAseq=TRUE, doPlot=TRUE, rowNames="ensg")
#添加本部转化id
emat <- replaceGeneId(new, id.in="ensg", id.out="entrez")
cam <- CMSgsa(emat=emat, class=res$prediction, RNAseq=TRUE)
deg <- subDEG(emat=emat, class=res$prediction, doVoom=TRUE)
subVolcano(deg)
</code>