====病毒拼接完整性评估====
通过 CheckV 软件将序列与完整病毒基因组的大型数据库进行比较，来评估病毒基因组的质量与完整性。

CheckV 共分为三个步骤来评估病毒基因组的质量。
    
第一步，CheckV 将病毒序列与包含 15958 个与病毒和微生物相关的 HMM 模型的数据进行比对，识别并去除序列边缘的非病毒区域。
    
第二步，CheckV 根据基于 NCBI 收录的完整病毒基因组数据库的平均氨基酸同一性（AAI）来估算病毒基因组预期长度。
    
最后一步，CheckV 根据 AAI 和 HMM 的方法评估病毒基因组的完整性，并且将病毒基因组的完整置信度分为高置信度（大于 90%）、中置信度 （80-90%）和低置信度（小于 80%）。


软件安装路径:

   /TJPROJ7/RNA_R/software/CheckV/checkv-db-v1.0 

脚本运行方法：

脚本位置

/TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/liuyan/checkv-db-v1.0/
<code>
export PYTHONPATH=/TJPROJ7/RNA_R/software/conda/miniconda3/bin/python:$PATH

source /TJPROJ7/RNA_R/software/conda/miniconda3/bin/activate base

export CHECKVDB=/TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/liuyan/checkv-db-v1.0/checkv-db-v1.0

checkv end_to_end S1.data.fas  ./output -t 1


virus.fa为鉴定的病毒序列文件
</code>
     
结果展示：
{{:个性化条目:图片11.png?400|}}

（1） quality_summary.tsv：provirus/virus、质量、完整度

（2） completeness.tsv ：估计完整性的结果

（3） contamination.tsv ：估计污染的结果

（4） complete_genomes.tsv ：已确定的假定完整基因组的结果

checkV官网：https://bitbucket.org/berkeleylab/checkv/src/master/


找不到客户关注的病毒，放宽各数据库比对的identify参数的阈值，流程默认identify >=90%