====Bulk-RNAseq TME 分析流程====
目前流程迁移到/TJPROJ6/RNA_SH/script_dir/TME/TME_data 

首先需要运行RNAseq标准分析，然后再基于RNAseq表达定量结果，进行TME分析。

参考目录：/TJPROJ2/PBD/jintiantian/analysis/TME_demo_report

说明：适用于人肿瘤免疫微环境分析，不建议分析小鼠样本；若是小鼠样本，则需要对小鼠基因做同源比对为人的基因，再进行后续分析，不包含 Immunophenogram分析，参考脚本：/TJPROJ12/PBD/project/00.BioPharm/10.BioPharm_US/X202SC21122630-Z01-F001/deal_result_file/sh_log 


1. The non-malignant cell fraction
CIBERSORTx 在线分析  https://cibersortx.stanford.edu/
需要.edu邮箱注册，可使用我的账号：yuisiudjdcy1@cougarmail.collin.edu，123456
Step1. 上传表达定量结果

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Step2. 设置参数

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Step3. 分析结果

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EPIC 在线分析http://epic.gfellerlab.org/

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xCell 在线分析https://xcell.ucsf.edu/



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绘图R脚本: /TJPROJ2/PBD/jintiantian/analysis/TME_demo_report/TME_data/plot_data_hgnc_20210415

2. Tumor purity analysis
绘图R脚本: /TJPROJ2/PBD/jintiantian/analysis/TME_demo_report/TME_data/Estimate_Result_20210415

3. The phenotypic immune factors analysis
IFN-γ siginature绘图R脚本: /TJPROJ2/PBD/jintiantian/analysis/TME_demo_report/TME_data/IFN-gamma_Results_20210415
Immunophenogram siginature绘图R脚本: /TJPROJ2/PBD/jintiantian/analysis/TME_demo_report/TME_data/ IFN-gamma_Results_20210415

4. T-cell receptor repertoire analysis
运行脚本：/TJPROJ2/PBD/jintiantian/analysis/TME_demo_report/TME/mixcr/scripts
合并脚本：/TJPROJ2/PBD/jintiantian/analysis/TME_demo_report/TME/mixcr/scripts/clone_num_stat.py
 
5. 生成report
没有流程，参考目录：/TJPROJ2/PBD/jintiantian/analysis/TME_demo_report/
首先，运行scripts/ result_report.sh 中Med_result.py， 生成结果目录；
然后，需要手动准备result目录的7.TME：/TJPROJ2/PBD/jintiantian/analysis/TME_demo_report/Demo202104-001_Homo_sapiens_hg19_MED_result

最后，运行scripts/ result_report.sh 中/TJPROJ2/PBD/mabaowei/RNA/pupline/result_report/Med_TME_report.py，生成report。若为小鼠，则使用/TJPROJ2/PBD/mabaowei/RNA/pupline/result_report/Med_TME_mmu_report.py，生成report。