===长距离mRNA鉴定分析===
参考链接[[https://zhuanlan.zhihu.com/p/478575248]]

主要操作：

mb-RNA的识别过程：

西瓜和葫芦的转录组数据分别比对映射到各自的参考基因组上，比对上的reads别认为是来自于自身基因并非异种基因，用于后续验证未表达但预测出的mb-RNA的假阳性，记为数据集C（西瓜比对上的reads）和C'（葫芦比对上的reads）；

西瓜自嫁接8424/8424组合的未必对上西瓜基因组的reads再与葫芦基因组进行比对，比对上的reads被认为是假阳性，记为数据集B；同理葫芦自嫁接组合YZ/YZ未必对上的reads与西瓜基因组比对，比对上的reads被也认为是假阳性，记为数据集B'；

异种嫁接8424/YZ组合的接穗（西瓜叶片）未必对到西瓜基因组的reads与葫芦基因组进行比对，比对上的reads减去假阳性（数据集B+C'）后被视为由砧木向上运输而来的mb-RNA；

同理异种嫁接8424/YZ组合的砧木（葫芦叶片）未必对到葫芦基因组的reads与西瓜基因组进行比对，比对上的reads减去假阳性（数据集B'+C）后被认为是由接穗向下运输而来的mb-RNA；

只保留在2个生物学重复中均检测到的mb-RNA。