===== lncRNA rfam家族分析 =====
lncRNA可能是一些sRNA前体，使用软件infernal 1.02中cmsearch工具已经rfamscan可以对lncRNA进行家族分析，可以得到部分lncRNA可能的rfam家族分类信息。\\
脚本路径：/PUBLIC/source/RNA/lncRNA/shouhou/rfam_scan.py \\ 
**使用方法**：
<code>
usage: rfam_scan.py [-h] --file FILE [--rfam RFAM] [--cm CM] [--bt BT] [--t T] --out OUT [--debug]
some element of the scan
optional arguments:
  -h, --help   show this help message and exit
  --file FILE  the file to do rfam_scan,required as fasts format
  --rfam RFAM  the rfam data to blast
  --cm CM      the cm data to be used
  --bt BT      specify blast evalue cutoff
  --t T        specify cutoff in bits
  --out OUT    outdir of the result
  --debug
</code>
infernal 软件路径：/PUBLIC/software/RNA/INFERNAL/bin/ ，可以加入环境变量直接使用 \\
rfamscan 脚本路径：/PUBLIC/source/RNA/lncRNA/shouhou/rfam_scan.pl \\
**使用方法，按要求填好参数后，运行脚本后，第一步rfam.scan 步骤会自动投递。当所有blast运行完毕后，本地运行arrange.sh进行结果整理。**\\