======SNP 构树======
http://39.106.215.109/dokuwiki2/doku.php?id=售后:snp_构树\\
**1 参考文献**
{{ :售后:snp构树.pdf |}} \\

**2.分析内容**

{{:售后:pasted:zhangcuijie_20180716142107.png}} \\
{{:售后:pasted:zhangcuijie_20180711143400.png}}

=====方法=====
根据重测序脚本修改：筛选每个样品的reads 支持reads>6,单突变位点，利用兼并位点转化snp 为碱基序列，然后生成一致性序列，treebest 构树 \
=====脚本=====
<code>
python  /BJPROJ/RNA/shouhou/script_dir/others/SNP/snp.py  
--vcf vcf 文件
--prefix snp 结果前缀
--group sample与组名，顺序需要与snp 的表头一致
</code>
=====结果=====
{{:售后:pasted:zhangcuijie_20190103152522.png}}