======简介======
MapMan是PPDB（Plant Proteome Database）数据库（http://ppdb.tc.cornell.edu/）提供的一种工具，按照蛋白质在生物体的代谢途径和生物过程中的功能对基因进行分类，也涉及代谢途径和其它过程。
其原理与GO很相似，都是利用层次分类方式对基因产物进行功能分类。
======功能======
具体包括以下五个功能：1）在某个通路上各基因的表达量展示；2）聚类热图分析；3）表达量聚类（也可以展示在某类通路上的）；4）染色体水平上的表达量展示；5）通过注释信息做venn图。
======软件的下载======
Mapman下载地址http://mapman.gabipd.org/web/guest/mapman，同时可以根据软件的提示下载mapman提供的部分数据文件。
======数据准备======
**1. mapping文件：**除了mapman提供的拟南芥、马铃薯、番茄等，还可以在网站上（http://mapman.gabipd.org/web/guest/mapmanstore?p_p_id=MapManDataDownload_WAR_MapManDataDownloadportlet_INSTANCE_4Yx5&p_p_lifecycle=0&p_p_state=normal&p_p_mode=view&p_p_col_id=column-1&p_p_col_pos=1&p_p_col_count=2，网页下载需要注册）下载其他物种的mapping文件到相应的MapmanData文件夹下。
除了从Mapman上下载，还可以自己准备mapping文件并保存到MapmanData文件夹下，可以使用xls或txt格式，每列用tab隔开。本文件共5列，
| BINCODE  ^ NAME  ^ INDENTIFER  | DISCRIPTION  ^ TYPE  ^

NAME:manpman注释的分类及类别名称

INDENTIFER需要与实验数据的INDENTIFER对应（即gene id）

DISCRIPTION描述信息（自己准备mapping文件时这一列可空）

TYPE:分为transcript[T]、Metabolite[M]、enzyme[E]、protein[P](同样可空)。

**2.实验数据：**

可以使用xls或txt格式，每列用tab隔开。
^ IDENTIFIER  | X2-X0  | X2-X0  | X4-X0  | X4-X0  |
|             | 0.02   | 0      | -0.04  ^ 0      ^
第一列为IDENTIFIER（即gene id）,后面各列是不同样本间的差异表达倍数，正负分别表示上下调，X代表缺失（建议使用log2fold_change值）。
======数据分析======
**1. 在某个通路上各基因的表达量展示作图：**

选择界面上的第一个图例：show pathway to visualize your data in the context of metabolic ----选择关注的pathway----比对用的mapping文件以及实验数据-----点击show pathway就可以出现某个通路上各基因的表达量展示图。
{{:产品:134903p8tqq9gl7g8z088e.png |}}


**2. 聚类热图分析：**

选择要分析的数据文件和参考mapping文件----选择 statistic方法----点击确定，就可以画出较粗略的聚类分析图，后期还可以通过调节Header、Hierarchy、Display和Annotation来优化聚类图。
{{ :产品:qq截图20160808150104.jpg |}}


**3. 表达量聚类（也可以展示在某类通路上的）**

**4. 染色体水平上的表达量展示：**

选择界面上的第一个图例：点击ChromosomalView----选择关注的chromosome----比对用的mapping文件以及实验数据-----点击确定，就可以得到染色体水平上的表达量展示图。
{{:产品:qq截图20160808144035.jpg |}}


**5. 通过注释信息做venn图**

======参考文献和连接======
{{ :产品:the_ultimate_mapman_install_and_usage_guide.pdf |}}

http://172.25.35.1/forum/forum.php?mod=viewthread&tid=269&extra=