===== 测试 =====

脚本路径：
  /TJPROJ6/NC_BG_SH/personal_dir/liuying/WGBS_RNA
  
测试路径：
  /TJPROJ6/NC_BG_SH/personal_dir/liuying/WGBS_RNA/test3

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==== 测试准备 ====
准备文件：
  *转录结果文件
  *甲基化流程分析结果文件
  *甲基化cx-report

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==== 刷脚本 ====
    *rna_seq文件夹准备，甲基化文件准备，**run.sh,prepare.sh**
      rna_seq文件夹准备：
         *在关联分析执行路径下mkdir -p rna_seq/Diff_TR/Diff/CQDvsCQ（AvsB为差异比较组合，组名需要和甲基化保持一致）
         *通过转录结果gene_fpkm.xls计算每组所有生物学重复fpkm的平均值：rna_seq/Diff_TR/Diff/rowmeans_fpkm.xls
         *在比较组合目录下准备差异结果CQDvsCQ.Differential_analysis_results.xls，差异基因列表CQDvsCQ.diffgeneID_down,CQDvsCQ.diffgeneID_up,CQDvsCQ.diffgeneID
      甲基化分析路径如果不存在，需要重新准备：
         *在甲基化分析路径下mkdir -p 2.Map_Methy/${sample}/bismark_result,将cx-report文件链过来${sample}_1.clean.fq_bismark_bt2_pe.sam_deduplicated_to_representative_sequences_pe.CX_report.txt_sorted.gz
         *标准分析结果文件

使用/TJPROJ6/NC_BG_SH/personal_dir/liuying/WGBS_RNA/new_associate_prepare.pl时
   rna_seq文件夹准备：
         *在关联分析执行路径下mkdir -p rna_seq/Diff_TR/Diff，将转录的结果中*Differential/1.deglist下比较组合目录软链过来
         *通过转录结果gene_fpkm.xls计算每组所有生物学重复fpkm的平均值：rna_seq/Diff_TR/Diff/rowmeans_fpkm.xls
   *甲基化分析路径，需要重新准备：
         *在关联分析路径下mkdir -p methydir,将甲基化释放的CX_report（目录名称为CX_report，下层放cx文件）和解压好的结果文件软链到该路径下
prepare.sh
  perl /TJPROJ6/NC_BG_SH/personal_dir/liuying/WGBS_RNA/associate_prepare.pl \
    -methydir /TJPROJ6/NC_BG_SH/shouhou/202205/X101SC21114961-Z01-J001_asso/WGBS/EPI/TJPROJ7/EPI/Projects/WGBS_2021_Q4/X101SC21114961-Z01-J001-B1-36_kongxincai_WGBS_20211215 \##甲基化路径，需包含2号文件夹和结果文件
    -refdir /TJPROJ6/NC_BG_SH/shouhou/202205/X101SC21114961-Z01-J001_asso/rna_seq \##rna_seq准备文件
    -Genomedir /TJPROJ1/RNA/reference_data/Plant/Ipomoea_aquatica/kehu_provide/WGBS/Genome_Reg/all \##WGBS参考基因组路径，到Genome_reg/all
    -outdir /TJPROJ6/NC_BG_SH/personal_dir/liuying/WGBS_RNA/test3/Prepare \##prepare输出路径
    -fai /TJPROJ1/RNA/reference_data/Plant/Ipomoea_aquatica/kehu_provide/WGBS/Chr.genome.fa.fai \##参考基因组fai文件
    -group CQ1:CQ2:CQ3,CQD1:CQD2:CQD3 \##同WGBS run.sh,组名在WGBS和转录组中都有且一致
    -groupname CQ,CQD \#同WGBS run.sh,组名在WGBS和转录组中都有且一致
    -compare 2:1 \同WGBS run.sh,保证比较组合在WGBS和转录组中都有且case和control的顺序一致
    -report_features  promoter,utr5,exon,intron,utr3,genebody,upstream_2k,downstream_2k \ ##在WGBS run.sh的features基础上增加genebody、upstream_2k、downstream2k
    -Biorepeat yes \  ##是否有组内生物学重复
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       *本地运行prepare.sh,在Prepare文件夹中生成sjm_prepare.sh,本地sh sjm_prepare.sh进行数据准备，等待脚本自动投递运行完即可。

run.sh
  perl  /TJPROJ6/NC_BG_SH/personal_dir/liuying/WGBS_RNA/new_Association_Pipeline_V2.pl \该pipline适配转录的环境变量
  perl  /TJPROJ6/NC_BG_SH/personal_dir/liuying/WGBS_RNA/Association_Pipeline_V2.pl  \
    --project X101SC21114961-Z01-J001_Ipomoea_aquatica,海南大学甲基化和chip测序分析技术服务（委托）合同,X101SC21114961-Z01-J001-B1  \
    --preparedir /TJPROJ6/NC_BG_SH/personal_dir/liuying/WGBS_RNA/test3/Prepare \##prepare文件夹
    --species ath \##kegg物种，
    --group CQ1:CQ2:CQ3,CQD1:CQD2:CQD3 \同prepare.sh
    --groupname CQ,CQD \同prepare.sh
    --compare 2:1 \同prepare.sh
    --fa /TJPROJ1/RNA/reference_data/Plant/Ipomoea_aquatica/kehu_provide/WGBS/Chr.genome.fa \##WGBS参考基因组fa
    --gtf /TJPROJ1/RNA/reference_data/Plant/Ipomoea_aquatica/kehu_provide/WGBS/gene.gtf \##参考基因组gtf
    --chrlist /TJPROJ1/RNA/reference_data/Plant/Ipomoea_aquatica/kehu_provide/WGBS/chrlist \#同WGBS
    --goann /TJPROJ1/RNA/reference_data/Plant/Ipomoea_aquatica/kehu_provide/WGBS/go.txt \#同WGBS
    --features promoter,utr5,exon,intron,utr3,genebody,upstream_2k,downstream_2k  \##同prepare.sh
*本地运行run.sh后会生成sjm_Associate_analysis.sh,sh sjm_Associate_analysis.sh进行关联分析。