=====参考基因组中toplevel sm rm 的区别=====

  dna - unmasked genomic DNA sequences.
  dna_rm - masked genomic DNA.  Interspersed repeats and low
     complexity regions are detected with the RepeatMasker tool and masked
     by replacing repeats with 'N's.
  dna_sm' - soft-masked genomic DNA. All repeats and low complexity regions
     have been replaced with lowercased versions of their nucleic base
     
     
简单来说，toplevel为原始测序得到的序列，其中含N碱基，是测序时，没有测清楚导致的；
rm版本，则是使用N碱基标记了一些简单的重复序列；
sm版本，则是使用小写子母标记一些简单的重复序列；

所以，使用rm版本可能会丢失一些碱基信息，但是多比对的情况可能会有所下降（没有测试过，猜测）。