======简介======
Adonis，多元方差分析，亦可称为非参数多元方差分析。其原理是利用距离矩阵（比如基于Bray-Curtis距离、Euclidean距离）对总方差进行分解，分析不同分组因素对样品差异的解释度，并使用置换检验对其统计学意义进行显著性分析。
Adonis分析结果通常如下：
^ Index        ^ Df         ^ SumsOfSqs       ^ MeanSqs ^F.Model ^R2 ^Pr(>F) ^
| GroupFactor  | 4        | 1.0899      |0.27248|1.4862|0.14883|0.011|
| Residuals      |34 | 6.2335 |0.18334|0.85117|
| Total    | 38        | 7.3234      |1.00000| | | |
其中，GroupFactor表示实验中的分组方法
Df表示自由度
SumsOfSqs表示总方差即离差平方和
MeanSqs表示均方差（SumsOfSeqs/Df）
F.Model表示检验值F
R2表示该分组方式对样品间差异的解释度，R2越大说明该分组方案对差异的解释度越高
Pr表示P值，小于0.05时显著说明本次检验的可信度高。

目前国内流程暂无针对于多组的Adonis分析结果。


======数据准备======
**带物种注释信息的otutable**

{{:otu_tax.png?direct&400|}}

**样本与分组的对应信息  group.list**
|   sample1   | A    |
|   sample2   | A   |
|   sample3   | A   |
|   sample4   | B    |
|   sample5   | B    |
|   sample6   | B    |
|   sample7   | C    |
|   sample8   | C    |
|   sample9   | C   |

======数据分析======

<code>
perl /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/multi-Adonis2/adonis.R.pl otu_table.absolute.xls group.list
</code>

======生成结果示例======
^ Vs_group        ^ Df         ^ SumsOfSqs       ^ MeanSqs ^F.Model ^R2 ^Pr(>F) ^
|A-B-C|4(166)|1.861(63.199)|0.46524(0.38072)|1.222|0.0286(0.9714)|0.01|


示例脚本：

<code>
/TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/multi-Adonis2/w.sh
</code>