售后流程优化
^ 序号  | 适用产品 | 分析名称                   | 分析内容  | 评估须知  |  开发时间  | 备注  |
| 1     | meta    | [[CARD PCA PCoA NMDS]]  | 新增PCA,PCoA,NMDS分析点 |         |  2022/09/01 |        |
| 2     | meta    | [[KEGG 基因数目统计图]]  | 按分组分别展示基因数目统计 |        |  2022/09/01 |         |
| 3     | meta    | [[环境因子]]  | 环境因子分析 |        |  2022/09/01 |         |
| 4     | qiime2  | [[多样性指数]]  | 新增四种多样性指数|        |  2022/09/01 |         |        
| 5     | qiime1  | [[物种基于wilcox检验做火山差异分析]]  | 通过wilcox筛选差异物种进行火山图展示|        |  2022/07/01 |         |    
| 6     | qiime1  | [[RawReads去重]]  | Raw中存在重复数据的情况，删除|        |  2022/07/01 |         | 
| 7     | qiime1  | [[多分组Adonis分析]]  | 让Adonis分析更加灵活，适用多个分组|        |  2022/07/01 |         | 
| 8     | qiime1  | [[SparCC网络图构图文件流程]]  | 基于SparCC进行网络图绘制|        |  2022/07/01 |         |
| 9     | qiime1  | [[ggcor相关性图绘制]]  | 基于ggcor进行物种或功能与环境因子相关性分析|        |  2022/09/01 |         |
| 10    | qiime1  | [[物种气泡图]]  | 展示top物种在各样品/分组中的分布情况|        |  2022/09/01 |         |             
| 11    | qiime1  | [[PLS-DA分析]]  | 基于ropls包的进行PLS-DA分析|        |  2022/09/01 |         |                                         
| 12    | qiime1  | [[特征菌群分析]]  | 基于selbal包进行特征菌群分析|        |  2022/09/01 |         |
| 13    | 单菌项目  | [[最小生成树MST构建]]  |使用phyloviz软件基于SNP的最小生成树构建|        |  2022/10/24 |         |
| 14    | meta  | [[humann3流程升级]]  |升级软件、数据库和主脚本|        |  2023/01/05 |         |
| 15    | meta    | [[ARG-OAP流程优化]]  | 补充S选项分析流程 |         |  2023/01/05|        |
| 16    | meta    | [[CARD双圈图]]  | 按照分组出图 |         |  2023/01/05|        |
| 17    | qiime  | [[单因素方差绘图]]  |单因素方差分组柱状图|        |  2023/01/05 |         |
| 18    | meta  | [[转移元件共线性分析]]  |转移元件共线性分析绘图|        |  2023/01/05 |         |
| 19    | meta  | [[VFDB数据库更新]]  |VFDB数据库更新至2022版本|        |  2023/01/05 |         |
| 20    | meta  | [[VIRGO数据库]]  |VIRGO数据库串写及分析说明文档整理等|        |  2023/01/05 |         |
| 21    | qiime  | [[优化复杂相关性图]]  |增加物种跟代谢组或转录组等数据的相关性分析|        |  2023/01/05 |         |
| 22    | qiime1    | [[PCoA圈图]]  | 增加和xy轴映射箱型图 |         |  2023/03/31 |        |
| 23    | meta  | [[CARD]]  | 抗性分类和抗性基因丰度获取 |         |  2023/03/31 |        |
| 24    | meta  | [[HPB高级分析]]  | 抓结果脚本更新 |         |  2023/03/31 |        |
| 25    | 单菌  | [[SV]]  | 根据SV变异位置，找到对应gff覆盖的基因名称 |         |  2023/03/31 |        |
| 26    | meta  | [[MobileGeneticElement]]  |转移元件新文献中的数据库注释|        |  2023/03/31 |         |
| 27    | qiime  | [[随机森林]]  |随机森林选取全部数据集进行分析|        |  2023/03/31 |         |
| 28    | 单菌  | [[snp_dist]]  |根据snp序列获得snp距离矩阵|        |  2023/04/10 |         |
| 29    | qiime  | [[BactDating]]  |系统发育树时序分析|        |  2023/04/14 |         |
| 30    | qiime  | [[Origin绘图]]  |Paired Comparison Plot|        |  2023/04/14 |         |
| 31    | qiime  | [[kegg通路映射数据库]]  |KEGG pathway level1-3数据库更新自动化 |        |  2023/04/14 |         |
| 32    | qiime  | [[picrust2高层级及module层级注释]]  |PICRUSt2 KEGG level1-3通路丰度柱状图和热图展示|        |  2023/04/14 |         |
| 33    | meta  | [[sankeyD3]]  |宏基因组物种top10全层级桑基流向图（sankeyD3）|        |  2023/04/14 |         |
| 34    | qiime  | [[差异分析箱图]]  |物种KW检验及willcox多重比较批量分析绘制|        |  2023/07/05 |         |
| 35    | qiime  | [[扩增子新流程剔除物种售后小工具（基于cleandata）]]  |剔除物种|        |  2023/07/05 |         |
| 36    | qiime  | [[扩增子新流程剔除物种售后小工具（基于已有结果）]]  |剔除物种|        |  2023/07/05 |         |
| 37    | meta  | [[物种-功能丰度富集分析气泡图]]  |物种功能气泡图|        |  2023/07/05 |         |
| 38    | qiime  | [[扩增子-ancom差异分析]]  |差异分析|        |  2023/07/05 |         |
| 39    | meta    | [[基于unigene的转移元件分析]]  | isfinder数据库更新 |         |  2023/07/08 |        |
| 40    | 单菌    | [[coreSNP]]  | 分析流程搭建 |         |  2023/07/08 |        |
| 41    | meta    | [[Procrustes分析]]  | 基于NMDS的Procrustes分析流程 |         |  2023/07/08|        |
| 42    | meta    | [[Checkm2]]  | 对bins或基因组进行完整性和污染度的评估 |         |  2023/08/29|        |
| 43    | meta    | [[Busco]]  | 评估基因组组装和注释的完整性的工具 |         |  2023/08/29|        |
| 44    | 单菌    | [[virulencefinder数据库基于abricate]]  | 毒力基因库数据 |         |  2023/08/4|        |
| 45    | 单菌    | [[原核生物基因组快速注释——Prokka]]  | 基因预测 |         |  2023/09/27|        |
| 46    | 扩增子    | [[差异丰度分析gneiss]]  | 平衡树 |         |  2023/09/27|        |
| 47    | 都行    | [[中介效应分析]]  | 寻找中介效应因素 |         |  2023/09/27|        |
| 48    | 都行    | [[似然比检验比较两个线性模型]]  | 线性混合模型比较 |         |  2023/09/27|        |
| 49    | 都行    | [[绘制两个时期连线图]]  | 物种在两个周期的变化 |         |  2023/09/27|        |
| 50    | 单菌    | [[REALPHY构建SNP进化树]]  | REALPHY |         |  2023/09/27|        |
| 51    | 仅限扩增子    | [[Flex Meta-Storms（FMS）算法重新计算β距离矩阵]]  | FMS |         |  2023/10/9|        |
| 52    | 单菌    | [[DeconSeq去除基因组中的污染序列]]  | 排除污染序列 |         |  2023/10/10|        |
| 53    | 扩增子    | [[iTOL绘制进化树]]  | tree100进化树 |         |  2023/9/27|        |
| 54    | 扩增子    | [[获得lefseBiomaker的丰度]]  | 通过fuzzywuzzy包获得lefseBiomaker的丰度 |         |  2023/10/17|        |
| 55    | meta    | [[HUMANn3流程优化]]  | 更新软件和数据库 |         |  2023/10/19|        |
| 56    | 单菌    | [[KSNP4]]  | 构建coreSNP进化树 |         |  2023/10/25 |        |
| 57    | 都行    | [[基于相关性的桑基图分析]]  | newworkDE |         |  2023/10/26|        |
| 58    | 扩增子/meta    | [[MicrobeCensus]]  | 计算平均基因组大小 |         |  2023/11/23|        |
| 59    | 扩增子    | [[中心对数转换-lefse分析]]  | 中心对数转换 |         |  2023/12/25|        |
| 60    | meta    | [[metaWRAP]]  | binning分箱 |         |  2023/12/27|        |
| 61    | 扩增子    | [[BOLD database]]  | 新增BOLD database |         |  2023/12/27|        |
| 62    | 扩增子    | [[16S和ITS数据距离矩阵相关性]]  | mantel test计算16S和ITS数据距离矩阵的相关性并绘图 |         |  2023/12/25|        |
| 63    | all    | [[根据基因ID抓取功能注释信息]]  | 根据基因ID抓取功能注释信息 |         |  2023/12/26|        |
| 64    | 单菌    | [[查找目标基因并进行VFDB注释]]  | 样本中查找目标基因并进行VFDB数据库注释 |         |  2023/12/28|        |
| 65    | 单菌    | [[基于snp结果做GO-KEGG富集分析]]  | GO-KEGG富集分析 |         |  2023/12/28|        |
| 67    | 单菌    | [[基于snp结果做进化树]]  | gatk-snp结果raxml建树 |         |  2024/01/12|        |
| 68    | 宏基因    | [[COBRA]]  | COBRA提高组装质量 |         |  2024/03/07|        |
| 69    | 扩增子    | [[table转report.json]]  | 从下机路径获取样本 |         |  2024/03/07|        |
| 70    | 扩增子    | [[重写adonis_anoism_mrpp_amova]]  | 任意对比组+任意距离 |         |  2024/03/22|        |
| 71    | 扩增子    | [[Picrust2功能预测分层级展示]]  | kegg分层级展示 |         |  2024/04/01|        |
| 72    | meta    | [[Asgene数据库]]  |Asgene数据库注释  |         |  2024/03/28|        |
| 73    | meta/扩增子    | [[ReporterScore富集分析]]  | 基于ko层级丰度数据进行富集分析 |         |  2024/03/28|   
| 74    | 单菌    | [[框架图新流程]]  | 运行方法及指定spade组装 |         |  2024/04/07 |        |
| 75    | 单菌    | [[基因组校正]]  | 对基因组根据参考基因组进行校正，Ragtag |         |  2024/04/09 |        |
| 76    | 扩增子    | [[ MitoFish数据库 ]]  | MitoFish数据库更新 |         |  2024/04/09 |        |
| 77    | 通用    | [[ 数据质控 ]]  | 两种情况下的rawdata转cleandata方法 |         |  2024/04/30 |        |
| 78    | qiime2    | [[ picrust2 ]]  | 柱形图，热图，ttest分析显示详细功能名称 |         |  2024/05/06 |        |
| 79    | 单菌    | [[ 框架图新流程生成clean ]]  | 生成cleandata |         |  2024/05/06 |        |
| 80    | qiime2    | [[ qiime2 network ]]  | 边点文件提取 |         |  2024/05/06 |        |
| 81    | 单菌    | [[ BPGA软件 ]]  | core-pan基因分析 |         |  2024/05/29 |        |
| 82    | 通用    | [[ 多组间统计检验及事后检验 ]]  | 统计相关 |         |  2024/06/03 |        |
| 82    | 宏基因组    | [[ 地化循环 ]]  | CNPS-cyc |         |  2024/05/31 |        |
| 83    | 单菌    | [[ VIBRANT ]]  | 病毒序列注释工具 |         |  2024/07/01 |        |
| 84    | 单菌    | [[ PhaBOX ]]  | 病毒类型判断 |         |  2024/07/01 |        |
| 85    | 单菌    | [[ OrthoFinder ]]  | 单拷贝基因分析 |         |  2024/07/09 |        |
| 86    | 单菌    | [[ EasySpeciesTree ]]  | 物种系统发育树的构建（基于单拷贝分析结果） |         |  2024/06/03 |        
| 87    |扩增子    | [[COI database]]  | 新增COI database |         |  2024/07/09|        |
| 88    | 单菌    | [[ ParaAT计算kaks ]]  | ParaAT计算kaks |         |  2024/08/01 |        |
| 89    | 单菌    | [[ PAML计算dN/dS ]]  | PAML计算dN/dS |         |  2024/08/01 |        |
| 82    | 单菌    | [[ 空 ]]  | 空 |         |  2024/04/09 |        |
| 82    | 单菌    | [[ 空 ]]  | 空 |         |  2024/04/09 |        |