====== 扩增子-ANCOM差异分析 ====== ANCOM分析不依赖于数据的分布假设,可以在线性模型框架中实现,并消除了使用相对丰度带来的偏差,从而能够有效降低结果的假阳性。 可以作为metastat/t-test等标准差异分析的补充。 ===== 输入文件 ===== 标准交付结果-均一化后的丰度表:featureTable.sample.total.even.txt 样本-分组信息:group1.list ===== 测试路径及工作脚本 ===== /TJPROJ7/META_ASS/16s/sunhongtao/personal_demand/230417-00019-ancom/analysis #暂未传参,可直接执行 /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/HUMANn3/software/conda/envs/R_env/bin/Rscript ancom.R ===== 最终效果展示及结果解读 ===== 结果简单解读: 使用W统计量来划分差异物种,W值越高,代表差异越显著 可进行ASV或者其它物种分类水平的差异分析 可对ASV进行分类,标注门水平的分类结果 使用ggrepel::geom_text_repel为W统计量>0.9的ASV添加指定水平的标签 {{ :ancom.png?600 |}}