关于低质量和高质量的判定，illumina测序平台下机时会对每一个碱基进行质量值的判定，得到带碱基质量值的数据及fastq文件，其中@开头的是id，第二行是序列，第三行是+，第四行是质量值。质量值在此处展示形式为字母或符号，每一个质量值都有与之唯一相对应的ASCII码对应的质量(ASCII码链接：)，按照qiime的质控标准，将质量值小于19的判定为低质量，大于等于19判定为高质量。
质控具体分为两步：

1、Tags截取：将Raw Tags从连续低质量值（默认质量阈值为<=19）碱基数达到设定长度（默认长度值为3）的第一个低质量碱基位点截断。
该步是指碱基质量值小于19的连续达到3个时，将其从第一个低质量碱基位点开始截断。

2、Tags长度过滤：Tags经过截取后得到的Tags数据集，进一步过滤掉其中连续高质量碱基长度小于Tags长度75%的Tags。
经过前面的截断后，基于剩下的数据计算其连续碱基质量大于19的碱基的个数占总个数的比值，若比值小于75%，则将其进行过滤。