======简介======
最小生成树（Minimum Spanning Tree, MST）是一种特殊的图。它具备朴素树的所有性质，但也是一张图中边权最小但经过每个节点的子树。
定义
一个有  个结点的连通图的生成树是原图的极小连通子图，且包含原图中的所有  个结点，并且有保持图连通的最少的边。最小生成树可以用Kruskal（克鲁斯卡尔）算法或Prim（普里姆）算法求出。


======数据准备======
**基于snp获的序列文件**

{{:snp序列.png?direct&400|}}

**MST分组信息示例**
^sample ^showname ^group ^
|   B.ab.01.0065   | 65    |GroupA|
|   B.ab.1046   |  1046  |GroupA|
|   B.ab.104M   | 104M   |GroupB|
|   B.ab.134   | 134    |GroupB|
|   B.ab.1365.1   | 651    |GroupC|
|   B.ab.1993   | 993    |GroupC|

其中sample列为提供的snp序列文件中序列对应的名称，showname列为要在MST图中展示的样本名称，group列为分组信息方便分配颜色结果

======软件使用过程======
{{:mst1.png?direct&400|}}

第一步打开软件选择载入数据

{{:mst2.png?direct&400|}}

第二步输入本次分析的名称，如snp，并选择载入的文件内容选择对其的序列，如果你有其他类型的数据内容也可以上传，自测哈

{{:mst3.png?direct&400|}}

传入后的结果



{{:mst4.png?direct&400|}}

第三步传入样本和分组已经要展示的名称对应文件内容

{{:mst5.png?direct&400|}}

第四步在左侧的分析任务中选择Full MST分析点，按照提示内容选择下一步

{{:mst6.png?direct&400|}}

获得初步的MST最小生成树

{{:mst7.png?direct&400|}}

第五步选择option按钮调整树的参数，树的距离和疏密结构

{{:mst8.png?direct&400|}}

第六步在左侧的任务栏中选择isolatedata，然后将分组信息选中，然后点击右侧的View按钮，即可形成分组颜色样式

{{:mst9.png?direct&400|}}

最后可以点击右下角的图形色块调整配色

======安装包======
下载地址
https://bitbucket.org/phyloviz/phyloviz-main/downloads/

{{ :phyloviz-2.0a.zip |}}