====== 高级分析分析条目 ====== {{ :普转_个性化分析手册-2022.06.pdf |}} ^ 序号 ^ 产品类型 ^ 售后条目 ^ 分析内容 ^ 分析周期（工作日） ^ 评估须知 ^ 客户须知 ^ 维护人 ^ 备注 ^ | 1 | 转录/lncRNA | [[个性化条目:差异基因转录因子结合位点预测|]] | 使用tfbstools对录因子结合位点进行预测 | 7 | | | | | 2 | 转录 | [[个性化条目:RNA编辑分析|]] | 使用REDItools进行RNA编辑分析 | 10 | 此分析需要构建链特文库，如果不是链特文库，缺少链方向的相关分析内容 | 最好提供DNA重测数据进行矫正，降低RNA编辑位点的假阳性 | | | 3 | 转录 | [[个性化条目:等位基因差异性表达（ASE）分析|]] |通过SNP位点信息或者差异基因进行 |14 | | | | | 4 | 转录 | [[个性化条目:使用ANNOVAR注释SNP位点|]] | 使用ANNOVAR注释SNP位点 | 7 | | | | | 5 | 转录 | [[个性化条目:CARD数据库抗性基因注释|]] | CARD数据库抗性基因注释 | 7 | | | | | 6 | 转录 | [[个性化条目:利用Metacycle进行时序性表达分析]] | 利用Metacycle进行时序性表达分析 | 6 | | | | | 7 | 转录 | [[个性化条目:利用Mfuzz-TCseq R包进行时序性表达分析]] | 利用Mfuzz R包进行时序性表达分析 |6 | | | | | 8 | 转录 | [[个性化条目:利用maSigPro包进行时序性表达分析]] | 利用maSigPro包进行时序性表达分析 |6 | | | | | 9 | 转录 | [[个性化条目:利用Mfuzz-TCseq R包进行时序性表达分析]] | 利用TCseq包进行基因表达趋势分析 |6 | | | | | 10 | 转录 | [[个性化条目:多组合TCC差异分析]] |多组合TCC差异分析 |6 | | | | | 11 | 转录 | [[个性化条目:差异基因进行双因素方差分析]] |差异基因进行双因素方差分析 |6 | | | | | 12 | 转录 | [[个性化条目:ASprofile可变剪切分析]] |ASprofile可变剪切分析 |10 | | | | | 13 | 转录 | [[个性化条目:SpliceSeq可变剪切分析]] |SpliceSeq可变剪切分析 |10 | 用于TCGA数据库下载转录组数据的可变剪接分析 | | | | 14 | 转录 | [[个性化条目:PS1分析并绘制SE图片]] |PS1分析并绘制SE图片 |10 | | | | 15 | 转录 | [[个性化条目:ipath分析]] |ipath分析 |5 | | | | | 16 | 转录 | [[个性化条目:预测分泌蛋白分析]] |预测分泌蛋白分析 |10 | | | | | 17 | 转录 | [[个性化条目:PPI结果中蛋白的注释]] |PPI结果中蛋白的注释 |7 | 可基于转录组的 PPI 结果中展示的互作蛋白 id，提供 String 数据库中蛋白对应的注释信息 | | | | 18 | 转录 | [[个性化条目:蛋白结构域预测分析]] |蛋白结构域预测分析 |7 | 基于蛋白组序列与 pfam 数据库比对以预测蛋白的结构域信息，寻找蛋白结构域 | | | | 19 | 转录 | [[个性化条目:内参基因分析]] |内参基因分析 |6 | | |magic | | 20 | 转录 | [[个性化条目:密码子偏好性分析]] |密码子偏好性分析 |7 | | | | | 21 | 转录 | [[个性化条目:内含子保留率分析]] |内含子保留率分析 |10 | | | | | 22 | 转录 | [[个性化条目:U2-型内含子、U12-型内含子鉴定]] |U2-型内含子、U12-型内含子鉴定 |10 | | | | | 23 | 转录 | [[个性化条目:tSNE与UMAP聚类分析]] |tSNE与UMAP聚类分析 |6 | | | | | 24 | 转录 | [[个性化条目:样本与表型的聚类分析以及保守性分析]] |样本与表型的聚类分析以及保守性分析 |6 | | | | | 25 | 转录 | [[个性化条目:SNP构树]] |SNP构树 |7 | | | | | 26 | 转录 | 个性化条目:个性化热图绘制 |个性化热图绘制 |5 | 交付结果参考转录组个性化手册，脚本参考流程 | | | | 27 | 转录 | 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lncRNA | 单个样本lnc和mRNA表达circos圈图 |单个样本lnc和mRNA表达circos圈图 | 7 | 参考圈图 | | 17 | miRNA | [[个性化条目:miRNA的靶基因和转录组差异基因的overlap分析]] |miRNA的靶基因和转录组差异基因的overlap分析 | 5 | | | 18 | lncRNA | [[个性化条目:tasi RNA的丰度（已知序列定量）]] |tasi RNA的丰度（已知序列定量） | 5 | | ====== 表观售后条目 ====== ^ 序号 ^ 产品类型 ^ 售后条目 ^ 分析内容 ^ 分析周期（工作日） ^ 评估须知 ^ 客户须知 ^ 维护人 ^ 备注 ^ | 1 | chip | 选取特定基因绘制差异火山图 |选取特定基因绘制差异火山图 |5 | | 2 | chip | 要求做peak在染色体上的分布 |要求做peak在染色体上的分布 |7 | | 3 | chip | 染色体circ图 |染色体circ图 |7 | | 4 | chip | 某个基因的热图和meta图 |某个基因的热图和meta图 |7 | | 5 | chip | IGV数据分析可视化 |IGV数据分析可视化 |3 | | 6 | chip | [[个性化条目:表观类产品增强子分析]] |表观类产品增强子分析 |3 | ====信息组会分享==== ^序号^日期^信息^主题^ |1|2023/3/30|冯洁|[[组会分享:爬虫]]| |2|2023/4/7|刘琰|[[组会分享LY:]]| |3|2023/4/14|李正男|[[组会分享4:]]| |4|2023/4/21|李航|[[组会分享5:]]| |5|2023/4/28|王帅|[[组会分享1:]]| |6|2023/5/5|王虹雨|[[组会分享:]]| |7|2023/5/12|阳丹|[[组会分享2:]]| |8|2023/5/17|张新|[[组会分享3:]]| ^描述|连接|更新人|日期 ^uniport亚细胞定位|[[uniport亚细胞定位]]|张新|20220601|