======简介======
meta分析流程中，会遇到客户需求进行环境因子分析。

此处整理优化了meta环境因子分析流程。

======功能======
meta环境因子分析。
======数据准备======
**1. 丰度文件准备：**

分析所使用丰度文件为meta结果文件中04.TaxAnnotation/MAT/Relative文件夹以及目录下各层级相对丰度文件

**2. 环境因子文件：**

包括环境因子数据env.list，mantel-test分析mantel.list，vpa分析vpa.list


======数据分析======
**1. 环境因子spearman，CCA，mantel-test分析：**
<code>
perl /PUBLIC/software/MICRO/share/MetaGenome_pipeline/Meta_Env/Meta_Env_V1.0/bin/Environment_factors_analysis.pl --outdir 绝对路径/Environment_factors_analysis/ --rel /MAT/Relative --env env.list --env_category mantel.list --vpa_group vpa.list --group group.list
</code>
**2. 环境因子vpa分析（两组比较）：**
<code>
perl /PUBLIC/software/MICRO/share/MetaGenome_pipeline/Meta_Env/Meta_Env_V1.0/bin/../lib/VPA/VPA.pl 绝对路径/MAT/Relative/ env.list vpa.list --outdir Environment_factors_analysis/VPA1
</code>
注：该脚本只适用于两组环境因子之间进行vpa分析。

**3. 环境因子vpa分析（三组比较）：**

当遇到三组环境因子进行vpa分析时，需要准备配置以下文件：

vpa.list格式：环境因子组名1：因子1，因子2（tab分隔）环境因子组名2：因子3，因子4（tab分隔）环境因子组名3：因子5，因子6

可以参考/TJPROJ5/META_ASS/16s/chenjiawei/script/META/hjyz/three-vpa.list文件格式

env.list格式不变

MAT/Relative下丰度文件格式需要变化，具体操作是需要去掉各层级丰度表最后一列，去掉第一列列名层级名称，将第一列的空格替换为.，然后进行转置。

然后运行以下脚本即可完成三组vpa分析
<code>
mkdir kingdom  phylum class order family genus species
perl /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/multi_vpa/bin/multi_vpa.pl MAT/Relative/Unigenes.relative.k.xls env.list three-vpa.list kingdom
perl /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/multi_vpa/bin/multi_vpa.pl MAT/Relative/Unigenes.relative.p.xls env.list three-vpa.list phylum
perl /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/multi_vpa/bin/multi_vpa.pl MAT/Relative/Unigenes.relative.c.xls env.list three-vpa.list class
perl /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/multi_vpa/bin/multi_vpa.pl MAT/Relative/Unigenes.relative.o.xls env.list three-vpa.list order
perl /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/multi_vpa/bin/multi_vpa.pl MAT/Relative/Unigenes.relative.f.xls env.list three-vpa.list family
perl /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/multi_vpa/bin/multi_vpa.pl MAT/Relative/Unigenes.relative.g.xls env.list three-vpa.list genus
perl /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/multi_vpa/bin/multi_vpa.pl MAT/Relative/Unigenes.relative.s.xls env.list three-vpa.list species
</code>
示例脚本：
<code>
sh /TJPROJ5/META_ASS/16s/chenjiawei/script/META/hjyz/three-vpa.sh
</code>