=======甲基化结果文件6.compare_DM_Analysis中文件来源解读=======

=====6.1.DMR_results=====

^*.DMR.all.result.xls           | DMR所有结果|
^*.DMR.result.xls               | DMR所有结果中前10000条结果（所有结果少于10000时，与*.DMR.all.result.xls是相同）|
^*.result.annotation.xls        | 对*.DMR.result.xls文件进行注释，结果中只包含了有注释的，没有注释的DMR不在表格中|
^*.result.hyper.annotation.xls  | 对*.result.annotation.xls分类，第8列diff.Methy大于0|
^*.result.hypo.annotation.xls   | 对*.result.annotation.xls分类，第8列diff.Methy小于0|

各文件readme如下：\\
1、*.DMR.result.xls
    为DMR分析结果文件，各列信息如下：
       1、染色体ID
       2、DMR起始位点
       3、DMR终止位点
       4、DMR长度
       5、DMR区域位点数目
       6、case组平均甲基化水平
       7、control组平均甲基化水平
       8、差异甲基化水平
       9、统计显著值，反应DMR整体差异，其绝对值越大差异越显著
       10、序列环境类型
    PS:.DMR.all.result.xls 为DSS软件鉴定的所有DMR，如果每种序列环境（CG,CHG,CHH）DMR数目大于10000，
       则选择该context中显著值较高的10000个区域进行后续分析
2、*.DMR.result.annotation.xls
    为DMR分析注释结果，各列信息如下：
       1、染色体ID
       2、DMR起始位点
       3、DMR终止位点
       4、DMR长度
       5、DMR区域位点数目
       6、case组平均甲基化水平
       7、control组平均甲基化水平
       8、差异甲基化水平
       9、统计显著值，反应DMR整体差异，其绝对值越大差异越显著
       10、序列环境类型
       11、区域ID（可能是基因ID，repeatID，CGI位置信息）
       12、区域类型
       13、若为基因ID相关区域，并且有基因名称和相关描述
       14、基因相关描述

3、*.DMR.result.(hyper/hypo).annotation.xls
      为DMR中hyper/hypo区域注释结果，各列信息如*.DMR.result.annotation.xls文件一致
      
=====6.3.DMR_plot=====

====4.annot_region_distribution====

  为DMR锚定区域的Hyper/Hypo数量分布
  *.（CG/CHG/CHH）.DMRs_generegion.distribution.pdf ： 为各个类型的DMR锚定区域分布，pdf格式
  *.（CG/CHG/CHH）.DMRs_generegion.distribution.png ： 为各个类型的DMR锚定区域分布，png格式
  *.（CG/CHG/CHH）.region.txt ：为各个类型的DMR锚定区域分布，
           各列信息为（1、gene_region：基因功能区域；2、number：DMR数目；3、DMR_type：DMR类型Hyper/Hypo）,此为作图数据
           
*.（CG/CHG/CHH）.region.txt 是根据*.DMR.result.annotation.xls（**有注释的结果全部来源于这里，在统计个数的时候。同一个DMR注释到不同gene的相同功能区算做一次计数，即1，2，3,10,12会有重复，在去除重复的情况下计数**） 和 *.DMR.result.xls（**主要是other_region的数量，加了那些没有注释的结果**）的结果。