===== 合并组甲基化水平或CX_report ===== 将同组的样本的甲基化水平或者CX_report进行合并 脚本路径: /TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/yangdan/new/gongdan/merge_cx/merge.py ==== 参数设置 ==== usage: merge.py [-h] [-T TY] [-D INPUT_DIR] [-O OUTDIR] [-C CON] [-F FAI] merge cx or Identification optional arguments: -h, --help show this help message and exit -T TY, --ty TY merge cx or ml -D INPUT_DIR, --input_dir INPUT_DIR the cx_report or mC_Identification dir -O OUTDIR, --outdir OUTDIR the out dir -C CON, --con CON condition.xls -F FAI, --fai FAI fa.fai(只有mC_Identification需要fai) ==== 输入文件 ==== cx如释放路径中CX_report文件夹命名方式一致 mC_Identification 如结果文件中3.1中一致 condition.xls 如下所示 ^smaple|group| ^WS10_1|WS10| ^WS10_2|WS10| ^WS10_3|WS10| ^GS10_1|GS10| ^GS10_2|GS10| ^GS10_3|GS10| ==== 输出 ==== 在out dir下建立log ,log文件夹下有各组的脚本 group_ml.sh 本地跑即可 group_cx.sh 需投递 结果输出在 输入路径下的 cx 或 ml 路径下