===== 1.脚本设计 =====

老师想要多分组的adonis、anoism、mrpp或amova，或者指定距离矩阵计算组间差异，需要翻阅脚本，查找函数使用。如果有多个对比组，需要手动执行，所以整理了四个差异检验的方法，可以计算任意矩阵，接收多行的对比组完成分析。

===== 2.需要准备的文件 =====
featureTable.sample.total.even.txt

group.list

vs_group.list 每行一个对比组，每个对比组可以有多个分组
<code>
Control	Low	High
Control	Low
Low	High
</code>

===== 3.测试路径 =====

/TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/multi-adonis_anoism_mrpp_amova/example


===== 4.执行脚本 =====

<code>

/TJPROJ5/META_ASS/meta/sunhongtao/script/all_compare/bin/multi.py \
 --input  featureTable.sample.total.even.txt \
 --seq    feature.fasta \
 --vs     vs_group.list \
 --group  group1.list \
 --dis_method aitchison,manhattan,euclidean,canberra,clark,bray,kulczynski,gower,altGower,morisita,horn,mountford,raup,binomial,chao,cao,mahalanobis,chisq,chord,hellinger,robust.aitchison,bray_curtis,jaccard,unweighted_unifrac,weighted_unifrac \
 --dif_method adonis,anoism,mrpp,amova \
 --output     result_test_all \
 --task       test_1 \
 --notrun


#readme
:<<"end"
--dis_method 可选参数如下

#以下距离使用vegan计算:
manhattan,euclidean,canberra,clark,bray,kulczynski,gower,
altGower,morisita,horn,mountford,raup,binomial,chao,cao,
mahalanobis,chisq,chord,hellinger,aitchison,robust.aitchison

#以下距离使用qiime2计算：
bray_curtis,jaccard,unweighted_unifrac,weighted_unifrac

1. vegan中的bray和和qiime2中的bray_curtis是同一种距离，两个不同的名字
2. qiime2和vegan都可以计算jaccard，本脚本中涉及到jaccard用qiime2计算
3. aitchison距离需要将丰度表进行中心对数转换(clr)，表中不能有非正数,脚本没有写，暂时不能用      20240326已修复
4. 使用qiime2计算bray_curtis,jaccard,unweighted_unifrac,weighted_unifrac， --seq feature.fasta 为必选参数，如果是其他距离，可不必传入该参数

end


</code>

===== readme =====
Adonis又称置换多因素方差分析（permutational MANOVA）或非参数多因素方差分析（nonparametric MANOVA）用距离矩阵对总方差进行分解，分析不同分组因素对样品差异的解释度，并使用置换检验对划分的统计学意义进行显著性分析。
VS	对比组信息
F_value	F检验值
p_value	P值，小于0.05说明本次检验的可性度高


Anosim相似性分析是一种非参数检验，用来检验组间(两组或多组)的差异是否显著大于组内差异，从而判断分组是否有意义。
VS	对比组信息
R	理论上，R 值范围为-1到+1，实际中R值一般从0到1。R值接近1表示组间差异越大于组内差异，R值接近0则表示组间和组内没有明显差异
p_value	统计分析的可信度用p-value表示，P<0.05表示统计具有显著性。


MRPP多响应置换过程分析和 Anosim 分析类似，只是排序方式不同，结果得到A值、Observed Delta值、Expected delta值和Significance值；Observed Delta值越小说明组内差异越小，Expected delta值越大说明组间差异越大。
VS		对比组信息
A		A值大于0说明组间差异大于组内差异，A值小于0说明组内差异大于组间差异。
Observed_Delta	Observed Delta值越小说明组内差异小
Expected_delta	Expected-delta值越大说明组间差异大
Significance	Significance值小于0.05说明差异显著


Amova(分子方差分析法，Analysis of Molecular Variance)分析是基于距离矩阵检验不同组间差异显著性的非参数分析方法。
vs_group	对比组信息
SS		SS表示总方差,又称离差平方和
df		df表示自由度
MS		MS表示均方（差），即SS/df；
Fs		Fs表示F检验值
p-value		p-value 表示P值，小于0.05说明组间差异显著