====== Busco ======

===== busco简介 =====
 

Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO)是用于评估基因组组装和注释的完整性的工具。通过与已有单拷贝直系同源数据库的比较，得到有多少比例的数据库能够有比对，比例越高代表基因组完整度越好。

可以评估三种数据类型：

组装的基因组；
转录组；
注释到的基因对应的氨基酸序列。
使用需要评估的生物类别所属的数据库（从busco数据库下载）比对，得出比对上数据库的完整性比例的信息。

BUSCO官网：[[https://busco.ezlab.org]]

BUSCO v5数据库：[[https://busco-data.ezlab.org/v5/data/lineages/]]

====== 使用方法 ======
直接在命令中设定参数【需设置的参数较少时】
<code>
nohup busco -i genome.fa -c 10 -o busco -m geno -l busco_downloads/eudicots_odb10 --offline &
</code>
-i：指定需要分析的数据，组装的genome或者注释的蛋白序列或者组装的转录组dna序列;
-m：geno/prot/tran模式；
-c：指定线程；
-o：指定输出文件目录名；
-l：指定数据库
使用--offline离线模式

** busco结果 **
结果在short_summary.txt后缀文件中。
--------------------------------------------------
    |Results from dataset eudicots_odb10              |
    --------------------------------------------------
    |C:92.9%[S:72.4%,D:20.5%],F:1.8%,M:5.3%,n:2326    |
    |2162   Complete BUSCOs (C)                       |
    |1685   Complete and single-copy BUSCOs (S)       |
    |477    Complete and duplicated BUSCOs (D)        |
    |41     Fragmented BUSCOs (F)                     |
    |123    Missing BUSCOs (M)                        |
    |2326   Total BUSCO groups searched               |
    --------------------------------------------------
结果的解释：

使用的eudicots_odb10真双子叶植物数据库中共有2326个BUSCO groups，其中2162（92.9%）个BUSCO groups被完整比对上（包括1685个单拷贝和477个多拷贝），41个部分比对上，123个没有比对上。

通常用完整比对上的占总共的BUSCO groups的比例作为BUSCO的重要结果，越高越好，这里是92.9%=2162/2326。

** busco结果画图 **
在执行完毕之后，可以使用generate_plot.py画条形图，可以进行多个物种间同一个库结果的比较。

首先把所有的经过BUSCO检测的物种结果short_summary.txt后缀文件放到一个文件夹（result）下；
然后运行python busco/scripts/generate_plot.py –wd result；
generate_plot.py会在指定的目录下识别short_summary.specific/genetic前缀文件，载入所有符合这个模式的文件，然后在result下生成busco_figure.R脚本。
然后运行这个脚本调用ggplot2生成图。如果当前环境的R中没有安装ggplot2，可以安装后自行运行脚本生成图。
可以修改busco_figure.R脚本以适应需要，比如修改标题（my_title），基因数量标签的尺寸（labsize）。

{{:yuxi:busco_plot.png?400|}}


** 参考路径 **
/TJPROJ1/META_ASS/PreSaleEvaluation/BUSCO

** 细节脚本 **
<code>
unset PYTHONPATH

unset PERL5LIB

unset PERLPATH

source /TJPROJ4/BioAI/mayubin/software/miniconda3/bin/activate noref-busco

export PATH=/TJPROJ4/BioAI/mayubin/software/miniconda3/envs/noref-busco/bin:$PATH

mkdir -p /TJPROJ10/GB_TR/PJ_GB/mRNA/noref/2011/wangyinhao/X204SC23032430-Z01-F005_Mytillus_galloprovincialis_anl_20230705/TRINITY/BUSCO/plot

cd /TJPROJ10/GB_TR/PJ_GB/mRNA/noref/2011/wangyinhao/X204SC23032430-Z01-F005_Mytillus_galloprovincialis_anl_20230705/TRINITY/BUSCO

run_BUSCO.py -i /TJPROJ10/GB_TR/PJ_GB/mRNA/noref/2011/wangyinhao/X204SC23032430-Z01-F005_Mytillus_galloprovincialis_anl_20230705/TRINITY/trinity.out/Trinity.fasta -l /TJPROJ2/GB/PUBLIC/software/GB_TR/mRNA/busco/database//metazoa_odb9 -o Trinity.fasta -m tran --cpu 10

run_BUSCO.py -i /TJPROJ10/GB_TR/PJ_GB/mRNA/noref/2011/wangyinhao/X204SC23032430-Z01-F005_Mytillus_galloprovincialis_anl_20230705/TRINITY/CORSET/unigene.fasta -l /TJPROJ2/GB/PUBLIC/software/GB_TR/mRNA/busco/database//metazoa_odb9 -o unigene.fasta -m tran --cpu 10

run_BUSCO.py -i /TJPROJ10/GB_TR/PJ_GB/mRNA/noref/2011/wangyinhao/X204SC23032430-Z01-F005_Mytillus_galloprovincialis_anl_20230705/TRINITY/CORSET/cluster_all.fasta -l /TJPROJ2/GB/PUBLIC/software/GB_TR/mRNA/busco/database//metazoa_odb9 -o cluster_all.fasta -m tran --cpu 10

ln -s /TJPROJ10/GB_TR/PJ_GB/mRNA/noref/2011/wangyinhao/X204SC23032430-Z01-F005_Mytillus_galloprovincialis_anl_20230705/TRINITY/BUSCO/run_Trinity.fasta/short_summary_Trinity.fasta.txt /TJPROJ10/GB_TR/PJ_GB/mRNA/noref/2011/wangyinhao/X204SC23032430-Z01-F005_Mytillus_galloprovincialis_anl_20230705/TRINITY/BUSCO/run_unigene.fasta/short_summary_unigene.fasta.txt /TJPROJ10/GB_TR/PJ_GB/mRNA/noref/2011/wangyinhao/X204SC23032430-Z01-F005_Mytillus_galloprovincialis_anl_20230705/TRINITY/BUSCO/run_cluster_all.fasta/short_summary_cluster_all.fasta.txt /TJPROJ10/GB_TR/PJ_GB/mRNA/noref/2011/wangyinhao/X204SC23032430-Z01-F005_Mytillus_galloprovincialis_anl_20230705/TRINITY/BUSCO/plot/

cd /TJPROJ10/GB_TR/PJ_GB/mRNA/noref/2011/wangyinhao/X204SC23032430-Z01-F005_Mytillus_galloprovincialis_anl_20230705/TRINITY/BUSCO/plot
/TJPROJ2/GB/PUBLIC/source/GB_TR/mRNA/gb_trans_noref/bin/generate_plot.py -wd /TJPROJ10/GB_TR/PJ_GB/mRNA/noref/2011/wangyinhao/X204SC23032430-Z01-F005_Mytillus_galloprovincialis_anl_20230705/TRINITY/BUSCO/plot

/TJPROJ2/GB/PUBLIC/source/GB_TR/mRNA/gb_trans_noref/bin/get_busco.py -pd /TJPROJ10/GB_TR/PJ_GB/mRNA/noref/2011/wangyinhao/X204SC23032430-Z01-F005_Mytillus_galloprovincialis_anl_20230705/TRINITY/BUSCO/plot
</code>