====== ChIP-seq 与 RNA-seq关联分析 ======
=== 计划 ===
[[http://39.106.215.109/dokuwiki2/lib/exe/fetch.php?media=产品:chip与ref关联分析计划-终版.pdf]]
=== 流程框架 ===
{{:chip.png?400|}}
===== 数据准备 =====
1、需要数据：转录组结果文件、ChIP结果文件、ChIP bam文件、ChIP bw文件;参考基因组一致，组名一致，比较组合一致
===RNA-seq数据===
RNA-seq项目结果文件的 **3.Differential/1.deglist** 文件夹里面的文件
├── all_compare.xls 每个基因在所有比较组合的差异显著性分析列表
├── rowmeans_fpkm.xls 每个基因在每个组中的fpkm，这个表格需要手动准备（从all_compare.xls里面提取，有生物学重复的话，需要取均值）。
├── T1vsWT
│ ├── T1vsWT_deg_all.xls 每个比较组合差异显著性基因列表
│ ├── T1vsWT_deg_down.xls 每个比较组合差异显著性下调基因列表
│ ├── T1vsWT_deg_up.xls 每个比较组合差异显著性上调基因列表
│ └── T1vsWT_deg.xls 每个比较组合的差异分析列表
└── T2vsWT
├── T2vsWT_deg_all.xls
├── T2vsWT_deg_down.xls
├── T2vsWT_deg_up.xls
└── T2vsWT_deg.xls
===ChIP-seq数据===
./Results-X101SC19100017-Z01-J001-B1-36
└── Compare
├── T1_vs_WT
│ ├── T1_vs_WT_down_peak_related_genes.txt
│ ├── T1_vs_WT_peak_compare_table.tsv
│ └── T1_vs_WT_up_peak_related_genes.txt
└── T2_vs_WT
├── T2_vs_WT_down_peak_related_genes.txt
├── T2_vs_WT_peak_compare_table.tsv
└── T2_vs_WT_up_peak_related_genes.txt
./release/X101SC19100017-Z01-J001-B1-36/
├── BAM
│ ├── T1_IN.bam
│ ├── T1_IN.bam.bai
│ ├── T1_IP.bam
│ ├── T1_IP.bam.bai
│ ├── T2_IN.bam
│ ├── T2_IN.bam.bai
│ ├── T2_IP.bam
│ ├── T2_IP.bam.bai
│ ├── WT_IN.bam
│ ├── WT_IN.bam.bai
│ ├── WT_IP.bam
│ └── WT_IP.bam.bai
└── bigWig
├── T1_IN.bw
├── T1_IP.bw
├── T2_IN.bw
├── T2_IP.bw
├── WT_IN.bw
└── WT_IP.bw
===== run.sh =====
perl /TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/yangdan/pp/chip_rna/ChIP_Ref_Asso/pipeline/ChIP_mRNA_Association_v1.0.pl \
-project X101SC20202020-Z01-J001,诺禾致源ChIP-seq与RNA-seq关联分析,X101SC20202020-Z01-J001-B1-36 \
-ChIP_release /TJPROJ1/RNA/personal_dir/liuling/ceshi/AssoAnalysis/test4/ChIP_release/release/X101SC19100017-Z01-J001-B1-36 \
-ChIP_result /TJPROJ1/RNA/personal_dir/liuling/ceshi/AssoAnalysis/test4/ChIP_release/release/Results-X101SC19100017-Z01-J001-B1-36 \
-TR_result /TJPROJ1/RNA/personal_dir/liuling/ceshi/AssoAnalysis/test4/TR_result \
-experiment_design WT_IP:WT_IN,T1_IP:T1_IN,T2_IP:T2_IN \
-experiment_name WT,T1,T2 \
-group_design WT,T1,T2 \
-group_name WT,T1,T2\
-compare_design T1:WT,T2:WT \
-ref /TJPROJ1/RNA/reference_data/Animal/Mus_musculus/Ensemble_GRCm38.94/IP \
-kegg_species mmu
=== 执行过程===
1、sh run.sh
2、sjm sjm_Analysis.sh
=== 结果文件===
Result-X101SC20202020-Z01-J001-B1-36
├── 1.Whole_level
│ ├── 1.1.sig_bean
│ │ ├── 1.1.sig_bean.README.txt
│ │ ├── T1_vs_WT
│ │ │ ├── combine_RPM_Ref.xls
│ │ │ ├── T1_vs_WT.normCount_bean_both.pdf
│ │ │ ├── T1_vs_WT.normCount_bean_both.png
│ │ │ ├── T1_vs_WT.normCount_bean.pdf
│ │ │ ├── T1_vs_WT.normCount_bean.png
│ │ │ ├── T1_vs_WT.rpm_bean_both.pdf
│ │ │ ├── T1_vs_WT.rpm_bean_both.png
│ │ │ ├── T1_vs_WT.rpm_bean.pdf
│ │ │ └── T1_vs_WT.rpm_bean.png
│ │ └── T2_vs_WT
│ │ ├── combine_RPM_Ref.xls
│ │ ├── T2_vs_WT.normCount_bean_both.pdf
│ │ ├── T2_vs_WT.normCount_bean_both.png
│ │ ├── T2_vs_WT.normCount_bean.pdf
│ │ ├── T2_vs_WT.normCount_bean.png
│ │ ├── T2_vs_WT.rpm_bean_both.pdf
│ │ ├── T2_vs_WT.rpm_bean_both.png
│ │ ├── T2_vs_WT.rpm_bean.pdf
│ │ └── T2_vs_WT.rpm_bean.png
│ ├── 1.2.Sig_Line
│ │ ├── 1.2.Sig_Line.README.txt
│ │ ├── T1
│ │ │ ├── T1.scale_Profile.xls
│ │ │ ├── T1.Sig_Line.pdf
│ │ │ └── T1.Sig_Line.png
│ │ ├── T2
│ │ │ ├── T2.scale_Profile.xls
│ │ │ ├── T2.Sig_Line.pdf
│ │ │ └── T2.Sig_Line.png
│ │ └── WT
│ │ ├── WT.scale_Profile.xls
│ │ ├── WT.Sig_Line.pdf
│ │ └── WT.Sig_Line.png
│ └── 1.3.deepTools_Heatmap
│ ├── 1.3.deepTools_Heatmap.README.txt
│ ├── allgroup_body.heatmap.pdf
│ ├── allgroup_body.heatmap.png
│ ├── allgroup_body.matrix.mat.gz
│ ├── allgroup_TSS.heatmap.pdf
│ ├── allgroup_TSS.heatmap.png
│ └── allgroup_TSS.matrix.mat.gz
├── 2.Diff_RNA
│ ├── 2.1.Diff_bean
│ │ ├── 2.1.Diff_bean.README.txt
│ │ ├── T1_vs_WT
│ │ │ ├── T1_vs_WT.diff_beanplot.data.xls
│ │ │ ├── T1_vs_WT.fpkm_bean.all_both.pdf
│ │ │ ├── T1_vs_WT.fpkm_bean.all_both.png
│ │ │ ├── T1_vs_WT.fpkm_bean.all.pdf
│ │ │ ├── T1_vs_WT.fpkm_bean.all.png
│ │ │ ├── T1_vs_WT.fpkm_box.all.pdf
│ │ │ ├── T1_vs_WT.fpkm_box.all.png
│ │ │ ├── T1_vs_WT.fpkm_rpm.down.pdf
│ │ │ ├── T1_vs_WT.fpkm_rpm.down.png
│ │ │ ├── T1_vs_WT.fpkm_rpm.none.pdf
│ │ │ ├── T1_vs_WT.fpkm_rpm.none.png
│ │ │ ├── T1_vs_WT.fpkm_rpm.up.pdf
│ │ │ ├── T1_vs_WT.fpkm_rpm.up.png
│ │ │ ├── T1_vs_WT.rpm_bean.all_both.pdf
│ │ │ ├── T1_vs_WT.rpm_bean.all_both.png
│ │ │ ├── T1_vs_WT.rpm_bean.all.pdf
│ │ │ ├── T1_vs_WT.rpm_bean.all.png
│ │ │ ├── T1_vs_WT.rpm_box.all.pdf
│ │ │ └── T1_vs_WT.rpm_box.all.png
│ │ └── T2_vs_WT
│ │ ├── T2_vs_WT.diff_beanplot.data.xls
│ │ ├── T2_vs_WT.fpkm_bean.all_both.pdf
│ │ ├── T2_vs_WT.fpkm_bean.all_both.png
│ │ ├── T2_vs_WT.fpkm_bean.all.pdf
│ │ ├── T2_vs_WT.fpkm_bean.all.png
│ │ ├── T2_vs_WT.fpkm_box.all.pdf
│ │ ├── T2_vs_WT.fpkm_box.all.png
│ │ ├── T2_vs_WT.fpkm_rpm.down.pdf
│ │ ├── T2_vs_WT.fpkm_rpm.down.png
│ │ ├── T2_vs_WT.fpkm_rpm.none.pdf
│ │ ├── T2_vs_WT.fpkm_rpm.none.png
│ │ ├── T2_vs_WT.fpkm_rpm.up.pdf
│ │ ├── T2_vs_WT.fpkm_rpm.up.png
│ │ ├── T2_vs_WT.rpm_bean.all_both.pdf
│ │ ├── T2_vs_WT.rpm_bean.all_both.png
│ │ ├── T2_vs_WT.rpm_bean.all.pdf
│ │ ├── T2_vs_WT.rpm_bean.all.png
│ │ ├── T2_vs_WT.rpm_box.all.pdf
│ │ └── T2_vs_WT.rpm_box.all.png
│ ├── 2.2.Diff_heatmap
│ │ ├── 2.2.Diff_heatmap.README.txt
│ │ ├── T1_vs_WT
│ │ │ ├── T1_vs_WT.diff_heatmap.pdf
│ │ │ ├── T1_vs_WT.diff_heatmap.png
│ │ │ ├── T1_vs_WT_IP_RPM.xls
│ │ │ └── T1_vs_WT_RNA_FPKM.xls
│ │ └── T2_vs_WT
│ │ ├── T2_vs_WT.diff_heatmap.pdf
│ │ ├── T2_vs_WT.diff_heatmap.png
│ │ ├── T2_vs_WT_IP_RPM.xls
│ │ └── T2_vs_WT_RNA_FPKM.xls
│ └── 2.3.Diff_CDF
│ ├── 2.3.Diff_CDF.README.txt
│ ├── T1_vs_WT
│ │ ├── T1_vs_WT.diff_cdf.data.xls
│ │ ├── T1_vs_WT.diff_cdf.pdf
│ │ └── T1_vs_WT.diff_cdf.png
│ └── T2_vs_WT
│ ├── T2_vs_WT.diff_cdf.data.xls
│ ├── T2_vs_WT.diff_cdf.pdf
│ └── T2_vs_WT.diff_cdf.png
├── 3.Diff_ChIP
│ ├── 3.1.Diffchip_heatmap
│ │ ├── 3.1.Diffchip_heatmap.README.txt
│ │ ├── T1_vs_WT
│ │ │ ├── T1_vs_WT.heatmap_fpkm.pdf
│ │ │ ├── T1_vs_WT.heatmap_fpkm.png
│ │ │ ├── T1_vs_WT.heatmap.pdf
│ │ │ ├── T1_vs_WT.heatmap.png
│ │ │ ├── T1_vs_WT.heatmap_rpm.pdf
│ │ │ └── T1_vs_WT.heatmap_rpm.png
│ │ └── T2_vs_WT
│ │ ├── T2_vs_WT.heatmap_fpkm.pdf
│ │ ├── T2_vs_WT.heatmap_fpkm.png
│ │ ├── T2_vs_WT.heatmap.pdf
│ │ ├── T2_vs_WT.heatmap.png
│ │ ├── T2_vs_WT.heatmap_rpm.pdf
│ │ └── T2_vs_WT.heatmap_rpm.png
│ ├── 3.2.Diffchip_CDF
│ │ ├── 3.2.Diffchip_CDF.README.txt
│ │ ├── T1_vs_WT
│ │ │ ├── T1_vs_WT.diffpeak_cdf.pdf
│ │ │ └── T1_vs_WT.diffpeak_cdf.png
│ │ └── T2_vs_WT
│ │ ├── T2_vs_WT.diffpeak_cdf.pdf
│ │ └── T2_vs_WT.diffpeak_cdf.png
│ ├── 3.Diff_ChIP.README.txt
│ ├── T1_vs_WT.diffpeak_fpkm.data.xls
│ └── T2_vs_WT.diffpeak_fpkm.data.xls
└── 4.Diff_all
├── 4.1.Diff_Point_Venn
│ ├── 4.1.Diff_Point_Venn.README.txt
│ ├── T1_vs_WT
│ │ ├── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_down.data.xls
│ │ ├── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.data.xls
│ │ ├── T1_vs_WT.ChIP_up_RNA_down.data.xls
│ │ ├── T1_vs_WT.ChIP_up_RNA_up.data.xls
│ │ ├── T1_vs_WT.diff_all.data.xls
│ │ ├── T1_vs_WT.diff_point.pdf
│ │ ├── T1_vs_WT.diff_point.png
│ │ ├── T1_vs_WT.diff_venn.pdf
│ │ ├── T1_vs_WT.diff_venn.png
│ │ └── T1_vs_WT.overlap_diffgenes.data.xls
│ └── T2_vs_WT
│ ├── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_down.data.xls
│ ├── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.data.xls
│ ├── T2_vs_WT.ChIP_up_RNA_down.data.xls
│ ├── T2_vs_WT.ChIP_up_RNA_up.data.xls
│ ├── T2_vs_WT.diff_all.data.xls
│ ├── T2_vs_WT.diff_point.pdf
│ ├── T2_vs_WT.diff_point.png
│ ├── T2_vs_WT.diff_venn.pdf
│ ├── T2_vs_WT.diff_venn.png
│ └── T2_vs_WT.overlap_diffgenes.data.xls
├── 4.2.Diff_GO
│ ├── 4.2.Diff_GO.README.txt
│ ├── T1_vs_WT
│ │ ├── ChIP_down_RNA_down
│ │ │ ├── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_down.Enriched_GO.bar_graph.pdf
│ │ │ ├── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_down.Enriched_GO.bar_graph.png
│ │ │ └── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_down.GO_enrichment_result.xls
│ │ ├── ChIP_down_RNA_up
│ │ │ ├── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.Enriched_GO.bar_graph.pdf
│ │ │ ├── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.Enriched_GO.bar_graph.png
│ │ │ ├── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.Enriched_GO_bp_DAG.pdf
│ │ │ ├── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.Enriched_GO_bp_DAG.png
│ │ │ ├── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.Enriched_GO_cc_DAG.pdf
│ │ │ ├── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.Enriched_GO_cc_DAG.png
│ │ │ ├── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.Enriched_GO_mf_DAG.pdf
│ │ │ ├── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.Enriched_GO_mf_DAG.png
│ │ │ └── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.GO_enrichment_result.xls
│ │ ├── ChIP_up_RNA_down
│ │ │ ├── T1_vs_WT.ChIP_up_RNA_down.Enriched_GO.bar_graph.pdf
│ │ │ ├── T1_vs_WT.ChIP_up_RNA_down.Enriched_GO.bar_graph.png
│ │ │ └── T1_vs_WT.ChIP_up_RNA_down.GO_enrichment_result.xls
│ │ ├── ChIP_up_RNA_up
│ │ │ ├── T1_vs_WT.ChIP_up_RNA_up.Enriched_GO.bar_graph.pdf
│ │ │ ├── T1_vs_WT.ChIP_up_RNA_up.Enriched_GO.bar_graph.png
│ │ │ └── T1_vs_WT.ChIP_up_RNA_up.GO_enrichment_result.xls
│ │ └── overlap_diffgenes
│ │ ├── T1_vs_WT.overlap_diffgenes.Enriched_GO.bar_graph.pdf
│ │ ├── T1_vs_WT.overlap_diffgenes.Enriched_GO.bar_graph.png
│ │ ├── T1_vs_WT.overlap_diffgenes.Enriched_GO_bp_DAG.pdf
│ │ ├── T1_vs_WT.overlap_diffgenes.Enriched_GO_bp_DAG.png
│ │ ├── T1_vs_WT.overlap_diffgenes.Enriched_GO_cc_DAG.pdf
│ │ ├── T1_vs_WT.overlap_diffgenes.Enriched_GO_cc_DAG.png
│ │ ├── T1_vs_WT.overlap_diffgenes.Enriched_GO_mf_DAG.pdf
│ │ ├── T1_vs_WT.overlap_diffgenes.Enriched_GO_mf_DAG.png
│ │ └── T1_vs_WT.overlap_diffgenes.GO_enrichment_result.xls
│ └── T2_vs_WT
│ ├── ChIP_down_RNA_down
│ │ ├── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_down.Enriched_GO.bar_graph.pdf
│ │ ├── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_down.Enriched_GO.bar_graph.png
│ │ ├── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_down.Enriched_GO_bp_DAG.pdf
│ │ ├── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_down.Enriched_GO_bp_DAG.png
│ │ └── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_down.GO_enrichment_result.xls
│ ├── ChIP_down_RNA_up
│ │ ├── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.Enriched_GO.bar_graph.pdf
│ │ ├── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.Enriched_GO.bar_graph.png
│ │ ├── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.Enriched_GO_bp_DAG.pdf
│ │ ├── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.Enriched_GO_bp_DAG.png
│ │ ├── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.Enriched_GO_cc_DAG.pdf
│ │ ├── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.Enriched_GO_cc_DAG.png
│ │ ├── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.Enriched_GO_mf_DAG.pdf
│ │ ├── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.Enriched_GO_mf_DAG.png
│ │ └── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.GO_enrichment_result.xls
│ ├── ChIP_up_RNA_down
│ │ ├── T2_vs_WT.ChIP_up_RNA_down.Enriched_GO.bar_graph.pdf
│ │ ├── T2_vs_WT.ChIP_up_RNA_down.Enriched_GO.bar_graph.png
│ │ └── T2_vs_WT.ChIP_up_RNA_down.GO_enrichment_result.xls
│ ├── ChIP_up_RNA_up
│ │ ├── T2_vs_WT.ChIP_up_RNA_up.Enriched_GO.bar_graph.pdf
│ │ ├── T2_vs_WT.ChIP_up_RNA_up.Enriched_GO.bar_graph.png
│ │ └── T2_vs_WT.ChIP_up_RNA_up.GO_enrichment_result.xls
│ └── overlap_diffgenes
│ ├── T2_vs_WT.overlap_diffgenes.Enriched_GO.bar_graph.pdf
│ ├── T2_vs_WT.overlap_diffgenes.Enriched_GO.bar_graph.png
│ ├── T2_vs_WT.overlap_diffgenes.Enriched_GO_bp_DAG.pdf
│ ├── T2_vs_WT.overlap_diffgenes.Enriched_GO_bp_DAG.png
│ ├── T2_vs_WT.overlap_diffgenes.Enriched_GO_cc_DAG.pdf
│ ├── T2_vs_WT.overlap_diffgenes.Enriched_GO_cc_DAG.png
│ ├── T2_vs_WT.overlap_diffgenes.Enriched_GO_mf_DAG.pdf
│ ├── T2_vs_WT.overlap_diffgenes.Enriched_GO_mf_DAG.png
│ └── T2_vs_WT.overlap_diffgenes.GO_enrichment_result.xls
└── 4.3.Diff_KEGG
├── 4.3.Diff_KEGG.README.txt
├── T1_vs_WT
│ ├── ChIP_down_RNA_down
│ │ ├── add.T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_down.identify.xls_rendered_html_detail.html
│ │ ├── src
│ │ ├── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_down.enriched_KEGG_pathway_scatterplot.pdf
│ │ ├── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_down.enriched_KEGG_pathway_scatterplot.png
│ │ └── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_down.identify.xls
│ ├── ChIP_down_RNA_up
│ │ ├── add.T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.identify.xls_rendered_html_detail.html
│ │ ├── src
│ │ ├── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.enriched_KEGG_pathway_scatterplot.pdf
│ │ ├── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.enriched_KEGG_pathway_scatterplot.png
│ │ └── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.identify.xls
│ ├── ChIP_up_RNA_down
│ │ ├── add.T1_vs_WT.ChIP_up_RNA_down.identify.xls_rendered_html_detail.html
│ │ ├── src
│ │ └── T1_vs_WT.ChIP_up_RNA_down.identify.xls
│ ├── ChIP_up_RNA_up
│ │ ├── add.T1_vs_WT.ChIP_up_RNA_up.identify.xls_rendered_html_detail.html
│ │ ├── src
│ │ ├── T1_vs_WT.ChIP_up_RNA_up.enriched_KEGG_pathway_scatterplot.pdf
│ │ ├── T1_vs_WT.ChIP_up_RNA_up.enriched_KEGG_pathway_scatterplot.png
│ │ └── T1_vs_WT.ChIP_up_RNA_up.identify.xls
│ └── overlap_diffgenes
│ ├── add.T1_vs_WT.overlap_diffgenes.identify.xls_rendered_html_detail.html
│ ├── src
│ ├── T1_vs_WT.overlap_diffgenes.enriched_KEGG_pathway_scatterplot.pdf
│ ├── T1_vs_WT.overlap_diffgenes.enriched_KEGG_pathway_scatterplot.png
│ └── T1_vs_WT.overlap_diffgenes.identify.xls
└── T2_vs_WT
├── ChIP_down_RNA_down
│ ├── add.T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_down.identify.xls_rendered_html_detail.html
│ ├── src
│ ├── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_down.enriched_KEGG_pathway_scatterplot.pdf
│ ├── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_down.enriched_KEGG_pathway_scatterplot.png
│ └── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_down.identify.xls
├── ChIP_down_RNA_up
│ ├── add.T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.identify.xls_rendered_html_detail.html
│ ├── src
│ ├── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.enriched_KEGG_pathway_scatterplot.pdf
│ ├── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.enriched_KEGG_pathway_scatterplot.png
│ └── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.identify.xls
├── ChIP_up_RNA_down
│ ├── add.T2_vs_WT.ChIP_up_RNA_down.identify.xls_rendered_html_detail.html
│ ├── src
│ ├── T2_vs_WT.ChIP_up_RNA_down.enriched_KEGG_pathway_scatterplot.pdf
│ ├── T2_vs_WT.ChIP_up_RNA_down.enriched_KEGG_pathway_scatterplot.png
│ └── T2_vs_WT.ChIP_up_RNA_down.identify.xls
├── ChIP_up_RNA_up
│ ├── add.T2_vs_WT.ChIP_up_RNA_up.identify.xls_rendered_html_detail.html
│ ├── src
│ ├── T2_vs_WT.ChIP_up_RNA_up.enriched_KEGG_pathway_scatterplot.pdf
│ ├── T2_vs_WT.ChIP_up_RNA_up.enriched_KEGG_pathway_scatterplot.png
│ └── T2_vs_WT.ChIP_up_RNA_up.identify.xls
└── overlap_diffgenes
├── add.T2_vs_WT.overlap_diffgenes.identify.xls_rendered_html_detail.html
├── src
├── T2_vs_WT.overlap_diffgenes.enriched_KEGG_pathway_scatterplot.pdf
├── T2_vs_WT.overlap_diffgenes.enriched_KEGG_pathway_scatterplot.png
└── T2_vs_WT.overlap_diffgenes.identify.xls