====== 一、脚本介绍 ======
EasySpeciesTree脚本可以基于orthofinder进行物种系统发育树的构建

该脚本依赖Mafft, TrimAI, RAxML和ASTRAL程序，需要自己提前安装好，安装后vim EasySpeciesTree.py，将程序绝对路径添加到脚本中

====== 二、数据准备 ======

运行该脚本需要提供四个文件：

1.所用物种基因名的缩写前缀文件

2.单拷贝基因文件SingleCopyOrthogroups.txt

3.所有物种的Orthogroups文件Orthogroups.csv

4.所有物种的蛋白序列合并后的文件all-pep.fas


====== 三、流程执行 ======

执行脚本路径：/TJPROJ7/META_ASS/16s/yaoyuanyuan/X101SC23072678-Z02-gxh/X101SC23072678-Z02-F004/gxh-20240617/EasySpeciesTree/run2/work.sh

脚本内容：

  /TJPROJ7/GB_MICRO/PUBLIC/software/amplicon/python3/bin/python /TJPROJ7/META_ASS/16s/yaoyuanyuan/X101SC23072678-Z02-gxh/X101SC23072678-Z02-F004/gxh-20240617/EasySpeciesTree/EasySpeciesTree-master/EasySpeciesTree.py \
      --in1 /TJPROJ7/META_ASS/16s/yaoyuanyuan/X101SC23072678-Z02-gxh/X101SC23072678-Z02-F004/gxh-20240617/EasySpeciesTree/run2/in1/species_id.txt \
      --in2 /TJPROJ7/META_ASS/16s/yaoyuanyuan/X101SC23072678-Z02-gxh/X101SC23072678-Z02-F004/gxh-20240617/EasySpeciesTree/run2/in2/Orthogroups_SingleCopyOrthologues.txt \ 
      --in3 /TJPROJ7/META_ASS/16s/yaoyuanyuan/X101SC23072678-Z02-gxh/X101SC23072678-Z02-F004/gxh-20240617/EasySpeciesTree/run2/in3/Orthogroups.tsv \
      --in4 /TJPROJ7/META_ASS/16s/yaoyuanyuan/X101SC23072678-Z02-gxh/X101SC23072678-Z02-F004/gxh-20240617/EasySpeciesTree/run2/in4/all.pep.fas \
      --nb 100 \
      --t 16


参数介绍：

--in1：所用物种基因名的缩写前缀文件

--in2：单拷贝基因文件SingleCopyOrthogroups.txt

--in3：所有物种的Orthogroups文件Orthogroups.csv

--in4：所有物种的蛋白序列合并后的文件all-pep.fas

-t: 线程数

-nb: 默认bootstrap值为100


====== 四、分析结果 ======

输出文件夹一：SingleGene单拷贝基因序列

输出文件夹二：SingleGene_MSA单拷贝基因比对后的序列

输出文件夹三：Concatenataion串联法生成RAxML_bipartitions.concatenation_out.nwk即为串联法最终生成的树文件

输出文件夹四：Coalescence文件夹中的Astral.coalescence_tree.nwk即为并联法最终生成的树文件


====== 五、可视化 ======

可以基于上述串联法或并联法的结果使用FigTree或MEGA进行可视化