======Gistic的高频CNV表达量有相关性 使用文档======
from 张志明  https://note.youdao.com/ynoteshare/index.html?id=7c82b5a551bf3a88517933a838d64f06&type=note&_time=1671096674192

1、 模块介绍

/PUBLIC/software/Cancer/lishaobo/softtest/Advanalysis/DNA_RNA/Box_CNV_FPKM.py
/PUBLIC/software/Cancer/lishaobo/softtest/Advanalysis/DNA_RNA/CNV_FPKM.py

  对Gistic的高频CNV进行验证，其是否与表达量有相关性




2、 使用方法

    Gistic文件，建议使用Gistic中的Amplification_CNVs.genes.xls ，文件必须保留题头 和Deletion_CNVs.genes.xls
    D1R2， DNA样本名及其对应的RNA样本名 列表
    FPKM.xls，转录组检测的FPKM文件，建议使用2.Quantification/Quantification/Count/FPKM.xls

对其中一个文件预处理
/PUBLIC/software/Cancer/lishaobo/softtest/Advanalysis/DNA_RNA/Ens2Ref   -i   FPKM.xls
这部分工作产生原因是：转录组使用的Ensembl数据库，所以需要将ENS的基因名改为Refgene的基因名。已经有专门的程序可以做这件事情，但是由于基因名称管理混乱，所以没有加到模块中，方便这部分数据的升级。
如果是b38版本这部分工作还可以使用如下代码代替，这部分考虑更加周全，后续可以升级b37：
python   /PUBLIC/software/Cancer/lishaobo/softtest/Advanalysis/DNA_RNA/change.ensg2name.py FPKM.xls E2R_FPKM.xls




开始分析：
  #source /PUBLIC/software/Cancer/lishaobo/exp/exppy2.sh            最初版本
  #/TJPROJ6/RNA_SH/software/conda/conda/envs/python_2.7/bin/python  也可以使用这个
  
  python /PUBLIC/software/Cancer/lishaobo/softtest/Advanalysis/DNA_RNA/CNV_FPKM.py \
    -m Somatic_mutation.maf \
    -f E2R_FPKM.xls  \
    -g genelist \
    -o ./Landscape_Fpkm
  python /PUBLIC/software/Cancer/lishaobo/softtest/Advanalysis/DNA_RNA/Box_CNV_FPKM.py  \
    -A Amplification_CNVs.genes.xls \
    -D Deletion_CNVs.genes.xls \
    -s D1R2 \
    -f E2R_FPKM.xls \
    -o ./Box_CNV_FPKM  
    
测试路径： 
        /PUBLIC/software/Cancer/lishaobo/softtest/Advanalysis/DNA_RNA/test/CNV_FPKM
        /PUBLIC/software/Cancer/lishaobo/softtest/Advanalysis/DNA_RNA/test/BoxCNV_FPKM