====kobas富集结果为空文件===== kobas 3.0富集结果为空,文件中有表头,但是没有一个通路有富集结果。如下图: {{zhangxin:kobas空结果.png}} 如果排除因gene注释问题,导致的无结果,可以考虑是否物种db文件中GeneEntrezGeneIds表为空,检验方法如下 sqlite3 *db .table #查看有哪些表,主要关注GeneEntrezGeneIds GeneRefSeqProteinIds GeneUniprotkbAcs GeneEnsemblGeneIds select * from GeneEntrezGeneIds; #查看是否有输出,确认这个4个表中哪个为由内容的表 通过上述方法找到有内容的表后,如最终确认GeneEntrezGeneIds中无内容,则更改注释文件中第二行,默认如图 {{zhangxin:kobas默认表头.png}} 如果会从GeneEntrezGeneIds表中找,如果为空,则可能会导致无结果。 使用db中的表与注释文件表头的对应关系为 ^##Method: ID mapping (entrez_gene_id)|GeneEntrezGeneIds| ^##Method: ID mapping (refseq_protein_id)|GeneRefSeqProteinIds| ^##Method: ID mapping (uniprotkb_ac)|GeneUniprotkbAcs| ^##Method: ID mapping (ensembl_gene_id)|GeneEnsemblGeneIds| ^非##Method: ID mapping (*)格式,如上图|GeneEntrezGeneIds| 选择合适的表头,在进行富集即可。