======KSNP4 简介======
关于单菌的coreSNP分析，会有客户做此类型分析，频次大概一年两到三次，之前整理了一套基于snippy方法进行coreSNP分析，本次介绍了一种新的软件即KSNP4可以实现。

与snippy方法不同的是，KSNP4无需指定参考基因组即可分析。

现整理了相关流程步骤如下：
======功能======
寻找SNPs并构建进化树。

======数据准备======
**1. 样本基因组序列准备：**

新建seq文件夹，将需要分析的样本基因组序列文件放入其中，参考/TJPROJ1/META_ASS/soft/KSNP4/test/seq

======流程======
**1. 运行命令生成基因组文件inlist：**

<code>
/TJPROJ1/META_ASS/soft/KSNP4/kSNP4.1/kSNP4.1pkg/MakeKSNP4infile \
    -indir /TJPROJ1/META_ASS/soft/KSNP4/test/seq \
    -outfile inlist
</code>
**2. 计算最佳K值：**

<code>
export PATH=$PATH:/TJPROJ1/META_ASS/soft/KSNP4/kSNP4.1/kSNP4.1pkg
/TJPROJ1/META_ASS/soft/KSNP4/kSNP4.1/kSNP4.1pkg/Kchooser4 -in inlist
</code>
**3. 运行KSNP4流程寻找SNPs并构建进化树：**

<code>
/TJPROJ1/META_ASS/soft/KSNP4/kSNP4.1/kSNP4.1pkg/kSNP4 \
    -in inlist \
    -k 17 \
    -outdir /TJPROJ1/META_ASS/soft/KSNP4/test/out \
    -cachedir /TJPROJ1/META_ASS/soft/KSNP4/test/tmp -ML -NJ -vcf  -CPU 30 -core -min_frac 0.5 | tee Run1Log.txt
</code>

注: 此处-k 需要输入上一步输出的最佳k值结果，-outdir 输出文件目录，-cachedir 缓存目录，-ML 构建最大似然树，-NJ 邻接法建树，-core 计算核心SNP和核心SNP最小共有祖先树。

完整脚本及测试路径：
<code>
/TJPROJ1/META_ASS/soft/KSNP4/test
</code>

软件github链接：
<code>
https://github.com/kissake/kSNP4
</code>