======Landscape_FPKM使用文档======
1、 模块介绍

/PUBLIC/software/Cancer/lishaobo/softtest/Advanalysis/DNA_RNA/Landscape_Fpkm.py
  模块目的在于对指定基因制作landscape图，观察样本突变情况，同时基于转录组表达量对选定的高频基因进行验证，检查高频突变基因是否参与表达，发挥作用。


左侧为landscape图，展示基因突变，右侧为对应的基因和样本的FPKM值
两张图中样本排序相同，但是FPKM图中只有检测了FPKM的样本，未检测的样本会被忽略
两张图中基因是对应的，未检测到的基因会被标记为灰色
Landscape_Fpkm.png

2、 使用方法
准备输入文件：
maf文件，建议使用00.parper中的Somatic_mutation.maf
genelist，关注的需要验证的基因列表，可使用SMG的基因
FPKM.xls，转录组检测的FPKM文件，建议使用2.Quantification/Quantification/Count/FPKM.xls
准备工作：
  这部分工作产生原因是：转录组使用的Ensembl数据库，所以需要将ENS的基因名改为Refgene的基因名。已经有专门的程序可以做这件事情，但是由于基因名称管理混乱，所以没有加到模块中，方便这部分数据的升级。

  export PATH=/PUBLIC/software/Cancer/lishaobo/tools:$PATH
  Ens2Ref -i FPKM.xls  # 如果是b38流程，需要 -r b38 参数
命令会在当前目录下产生E2R_FPKM.xls，为修改后的FPKM文件。

如果是b38版本这部分工作还可以使用如下代码代替，这部分考虑更加周全，后续可以升级b37：

   python /PUBLIC/software/Cancer/lishaobo/softtest/Advanalysis/DNA_RNA/change.ensg2name.py FPKM.xls E2R_FPKM.xls
感谢志明贡献的代码

开始分析：
  #source /PUBLIC/software/Cancer/lishaobo/exp/exppy2.sh            最初版本
  #/TJPROJ6/RNA_SH/software/conda/conda/envs/python_2.7/bin/python  也可以使用这个
  python Landscape_Fpkm.py -h
  
  python /PUBLIC/software/Cancer/lishaobo/softtest/Advanalysis/DNA_RNA/Landscape_Fpkm.py \
    -m Somatic_mutation.maf \
    -f E2R_FPKM.xls  \
    -g genelist \
    -o ./Landscape_Fpkm
结果文件：
文件名	文件介绍
Landscape_Fpkm.pdf	主图1

Only_Landscape.pdf	附图2

Only_Fpkm.pdf	附图3

Landscape_Fpkm.R	主图脚本

Only_Fpkm.R	附图3脚本

sample.fpkm	fpkm 数据

sample.mut	mutation 数据

tempsample.fpkm	附图3 fpkm数据

测试路径： /PUBLIC/software/Cancer/lishaobo/softtest/Advanalysis/DNA_RNA/test/Landscape_Fpkm