======MetaWRAP简介======
MetaWRAP(https://github.com/bxlab/metaWRAP "MetaWRAP")旨在成为一个易于使用的宏基因组数据分析软件包，从头到尾完成宏基因组分析的核心任务：序列质量控制、组装、可视化、分类分析、提取基因组草图（又称分箱binning）和功能注释。此外，metaWRAP将bin提取和分析提升到了一个新的层次（参见下面的模块概述）。虽然没有简单的最佳方法来处理宏基因组数据，但在深入研究分析参数之前，metaWRAP是一种快速而简单的方法。MetaWRAP可应用于多种环境，包括肠道、水和土壤微生物组。

======数据准备======
** 样本Cleandata序列准备：**
fastq文件需要以gz结尾，或解压后的数据，配置在Dataclean.total.list文件内作为--in的输入参数，形如：
<code>
CL      /TJPROJ7/MICROCOOP/Coop_project/X101SC19092528-Z02-hagongda.202006/X101SC19092528-Z02-J023.N12.meta.ngs/01.DataClean/SystemClean/CL/CL_350.fq1.gz,/TJPROJ7/MICROCOOP/Coop_project/X101SC19092528-Z02-hagongda.202006/X101SC19092528-Z02-J023.N12.meta.ngs/01.DataClean/SystemClean/CL/CL_350.fq2.gz
CS      /TJPROJ7/MICROCOOP/Coop_project/X101SC19092528-Z02-hagongda.202006/X101SC19092528-Z02-J023.N12.meta.ngs/01.DataClean/SystemClean/CS/CS_350.fq1.gz,/TJPROJ7/MICROCOOP/Coop_project/X101SC19092528-Z02-hagongda.202006/X101SC19092528-Z02-J023.N12.meta.ngs/01.DataClean/SystemClean/CS/CS_350.fq2.gz
</code>
可以提供contig文件，作为--in2的输入文件，形如：
<code>
CL      /TJPROJ7/MICROCOOP/Coop_project/X101SC19092528-Z02-hagongda.202006/X101SC19092528-Z02-J023.N12.meta.ngs/02.Assembly/CL/CL.scaftigs.fa
CS      /TJPROJ7/MICROCOOP/Coop_project/X101SC19092528-Z02-hagongda.202006/X101SC19092528-Z02-J023.N12.meta.ngs/02.Assembly/CS/CS.scaftigs.fa
</code>
group.list 样本信息内容，用于从--in 和--in2的传入文件中选择样本进行分析
只需要一列样本名称即可

======流程======
** 使用Bash的操作形式：**

<code>
#默认分析模式 独立分析
/TJPROJ7/GB_MICRO/PUBLIC/software/amplicon/python3/bin/python /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/metaWRAP/bin/pipeline.py -in Dataclean.total.list -g group.list --independent-analysis -o ./
#设置具体分析点
#/TJPROJ7/GB_MICRO/PUBLIC/software/amplicon/python3/bin/python /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/metaWRAP/bin/pipeline.py -in Dataclean.total.list -g group.list --independent-analysis -o ./ -s 1,2,3,4,5,6,7,8,9,10
#独立分析需要组装
#/TJPROJ7/GB_MICRO/PUBLIC/software/amplicon/python3/bin/python /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/metaWRAP/bin/pipeline.py -in Dataclean.total.list -g group.list --independent-analysis -o ./ --need-assemble
#独立分析不需要组装,提供组装序列
#/TJPROJ7/GB_MICRO/PUBLIC/software/amplicon/python3/bin/python /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/metaWRAP/bin/pipeline.py -in Dataclean.total.list -g group.list --independent-analysis -o ./ -in2 total.scaftigs.list
#混合分析 (混合必定重新组装)
#/TJPROJ7/GB_MICRO/PUBLIC/software/amplicon/python3/bin/python /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/metaWRAP/bin/pipeline.py -in Dataclean.total.list -g group.list -o ./

#有一种情况，混合所有contig序列，使用cat命令将所有样本的contig 合并到一起后，将该contig命名为merge，并配置contig文件，作为--in2的输入文件，形如：
merge      contigfile.fna
/TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/metaWRAP/bin/pipeline.py -in Dataclean.total.list -g group.list -o ./ -in2 total.scaftigs.list
#这样就可以作为免组装的混合组装进行分析了
</code>


完整脚本及测试路径：
<code>
/TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/metaWRAP/bin/
/TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/metaWRAP/example
</code>

软件github链接：
<code>
https://github.com/bxlab/metaWRAP
</code>


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方法对应文献：
MetaWRAP—a flexible pipeline for genome-resolved metagenomic data analysis