======miRNA靶向预测======
=====简介=====
动物支持miRanda,RNAhybrid,targetscan,PITA四款软件的靶向预测,其中可修改miRanda,RNAhybrid的参数。
植物支持psRobot,targetfinder两款软件
脚本路径:
/TJPROJ6/NC_BG_SH/personal_dir/lihang/target/Target
=====参数说明=====
python /TJPROJ6/NC_BG_SH/personal_dir/lihang/target/Target --help
usage: Target [opthions] [value]
This program is used to generate scripts for Target in smallRNA
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
--mature MATURE mature.fa 必填,老师提供的或项目中的miRNA成熟体序列。
--refRNA REFRNA for animal use 3utr.fa;for plant use transcript.fa 动物3utr.fa或植物transcript.fa
--gtf GTF exon.gtf 必填,exon.gtf
--mRNA MRNA mRNA.transcript.fa 如果没有--refRNA,可提供mRNA.transcript.fa提取3utr序列
--genename GENENAME genenamefile 必填,genenamefile.txt(三列gene_id\tgene_name\tgene_description)
--split SPLIT number of split mature.fa, default is 30
--outdir OUTDIR the outdir
--organ ORGAN animal or plant
--software SOFTWARE software(animal:miRanda,RNAhybrid,targetscan,PITA;plan
t:psRobot,targetfinder) and parameter,eg
miRanda:140,-7_RNAhybrid:-7,0.05,default animal:miRand
a:140,-10_RNAhybrid:-10,0.05,plant:psRobot
--type {3utr_fly,3utr_worm,3utr_human}
necessary for RNAhybrid RNAhybrid的必要参数,根据物种选择
--model {human,mouse,fly,worm,fish}
necessary for targetscan targetscan的必要参数
重要:
参数--software的填写
格式:miRanda:140,-7_RNAhybrid:-7,0.05,软件间用'_'分割,软件名和软件参数用':'分割,不同参数用','分割。
目前能修改参数的仅miRanda(-sc,-en)和RNAhybrid(-e,-p)
如果需要多款软件,eg,miRanda:140,-7_RNAhybrid:-7,0.05_targetscan_PITA
====使用====
--organ animal
step1
填写参数,运行后,在{outdir}/log中生成分析脚本。
step2
sh runtarget.sh #除targetscan外的软件,运行后会将mature.fa拆分,并投递拆分后的各软件的运行脚本,三款软件都运行完成后,需要sh {outdir}/Common/common_target.sh
sh targetscan_pre.sh #targetscan软件,运行后会投递targetscan.sh脚本,运行完成后需要sh {outdir}/targetscan/result.sh
step3
sh {outdir}/log/anno_target.sh #添加靶向的geneid,靶向gene的注释
--organ plant
step1
填写参数,运行后,在{outdir}/log中生成分析脚本。
step2
sh plant_targer_generate.sh #根据选择的software生成分析脚本
step3
投递Target.targetfinder.sh或者psRobot.targetfinder.sh
====测试路径====
/TJPROJ6/NC_BG_SH/personal_dir/lihang/target/test