======MitoFish database简介======
MitoFish 是一个专门的鱼类数据库，旨在收集和提供有关鱼类线粒体基因组的详细信息。这个数据库对于鱼类遗传学研究、进化生物学、系统发育分析和物种鉴定等领域有很大作用。

更新原因：客户需求使用指定数据库链接下的最新数据库进行扩增子物种注释，但是我们的鱼类数据库很久未更新了。


官网截图

{{:mitofish.png?200|}}

======功能======
更新整理了MitoFish database，可用于扩增子分析

======更新方法======
**1. 到官网下载数据库压缩包：**

MitoFish database下载网址如下：
<code>
https://mitofish.aori.u-tokyo.ac.jp/download/
</code>
**2. 对数据库文件解压缩，并使用拆分脚本将其拆分为序列和注释文件：**

由于下载的序列文件名称只包含两个层级的注释信息，所以使用旧数据库的完整注释信息对其进行校正，以获得完整的物种注释信息。

<code>
perl final.pl mifish.complete_partial_mitogenomes.txt.ori mito-all mifish.complete_partial_mitogenomes.txt mifish.complete_partial_mitogenomes.fasta out.xls
</code>

**3. 训练为qiime2可用qza格式：**

<code>
# 训练特征分类器Training-feature-classifiers
source /TJPROJ7/GB_MICRO/PUBLIC/software/amplicon/qiime2_202202/activate.sh
# 导入参考序列，7s
time qiime tools import \
  --type 'FeatureData[Sequence]' \
  --input-path  mifish.complete_partial_mitogenomes.fasta \
  --output-path mifish.qza

time qiime tools import \
  --type 'FeatureData[Taxonomy]' \
  --input-format HeaderlessTSVTaxonomyFormat \
  --input-path mifish.complete_partial_mitogenomes.txt \
  --output-path taxonomy.qza

time qiime feature-classifier fit-classifier-naive-bayes \
  --i-reference-reads mifish.qza \
  --i-reference-taxonomy taxonomy.qza \
  --o-classifier mifish_classifier.qza
</code>

数据库路径：
<code>
/TJPROJ5/META_ASS/16s/chenjiawei/script/database/mifish/mifish-3.96-20231208
</code>

测试路径
<code>
/TJPROJ5/META_ASS/16s/chenjiawei/X101SC23102247-Z01/X101SC23102247-Z01-F001/cfx-20231219
</code>