====== MobileGeneticElement数据库串写及分析说明文档整理 ======
===== 一、数据库简介 =====
可移动基因元件( mobile genetic elements, MGEs)：主要包括插入序列(IS)、转座子(transposons)、整合子(integrons)、自转移广宿主质粒 (self-transmnissible broad host rangeplasmids)、基因岛(genomic islands) 和噬菌体( phage)等是能够在细胞内外移动、携带编码特定功能基因的基因组片段，在細菌基因组进化和适应特定环境压力过程中起到重要作用。
MGE数据库 (MobileGeneticElementDatabase）是通过获取NCB/核苷酸数据库中标汪为IS*
ISCR*、intl1、 int2、istA*、istB*、qacEdelta、tniA*、tniB*、tnpA*或Tn916转座子ORFs或基因的
CDS创建的，还包括PlasmidFinder数据库。目前最新版本的MGE数据库共有278个不同的基因名称注释和2000多个除seque以外的唯一序列。

MGEs数据库链接：
https://github.com/KatariinaParnanen/MobileGeneticElementDatabase/

文献:
Cite Pärnänen K, Karkman A, Hultman J, Lyra C, Bengtsson-Palme J, Larsson DGJ, Rautava S, Isolauri E, Salminen S, Kumar H, et al. Maternal gut and breast milk microbiota affect infant gut antibiotic resistome and mobile genetic elements. Nature Communications 2018;9:3891.
===== 二、测试路径 =====
<code>
/TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/MobileGeneticElement/test
</code>
===== 三、运行脚本 =====
<code>
需要的文件为宏基因组结果中Unigenes.readsNum.screening.fa与Unigenes.readsNum.even.xls 
配置完成后直接执行work.sh或进入Shell层级投递Main_MGE.sh即可
</code>
===== 四、说明文档 =====

转移元件流程结果文件说明
MobileGeneticElement

1 anno

MobileGeneticElement.xls【Unigene MGEs注释总表 】

absolute-anno.xls       【注释到MobileGeneticElement数据库绝对丰度表】

relative-anno.xls       【注释到MobileGeneticElement数据库相对丰度表】

2 bar

bar-top10.pdf   【top10相对丰度柱形图PDF格式】

bar-top10.png   【top10相对丰度柱形图PNG格式】

3 blastout

blastout.list.filter.m8 【根据blast结果筛选Identity > 95,E_value < 1e-5,Align_length>90bp 的m8文件】

4 heatmap

heatmap.pdf     【top30相对丰度热图PDF格式】

heatmap.png     【top30相对丰度热图PNG格式】