**MSLCRN**

1.背景：
非编码RNA(ncRNAs)涵盖了98%的转录组，但是不编码蛋白质。
在ncRNAs中长链非编码RNA(lncRNA)是一类大且多样的RNA分子，被认为是潜在的癌基因、抗癌基因和新生物标志物。
尽管只有少数lncRNA具有功能特征，但它是调节基因表达并涉及许多生物功能的重要调节剂。
现有的lncRNA-mRNA相互作用算法都是基于基因表达水平之间的统计学相关性进行研究的，但这种方法可能不会揭示具有因果关系的基因调控关系。
MSLCRN,针对现有方法进行的改进，可以成为鉴定lncRNA调控mRNA的补充方法。

2.参考链接：
https://academic.oup.com/bib/article/20/4/1403/4833470?login=false
https://github.com/zhangjunpeng411/MSLCRN/blob/master/MSLCRN.Rproj

3.脚本路径
/TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/zhengliuchang/yanfa/MSLCRN.R

使用方法举例：
''/TJPR0J6/RNA_SH/personal_dir/zhangxin/miniconda3/envs/R_4.3/bin/Rscript MSLCRN.R\
 --lncRNA /TJPR0J6/RNA_SH/personal dir/zhengliuchang/yanfa/lncRNA_fpkm.xls\
 --mRNA /TJPR0J6/RNA_SH/personal dir/zhengliuchang/yanfa/mRNA_fpkm.xls\
 --out /TJPR0J6/RNA SH/personal dir/zhengliuchang/yanfa/result_12\
''

4.使用帮助：

''
/TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/zhangxin/miniconda3/envs/R_4.3/bin/Rscript MSLCRN_pipline.R --help
usage: MSLCRN_pipline.R [--] [--help]  [--mRNA MRNA]
       [--lncRNA LNCRNA] [--out OUT]
''


5.输出文件

（1）最佳软阈值图片以及最佳软阈值的power值
    Optimalpower.pdf  power_estimate.txt
（2）聚类图模块与基因
    Cluster_dendrogram.pdf  hclust_plot.pdf
（3）模块中包含的lncRNA与mRNA文件
    Modulegenes.xls
（4）因果关系筛选过的关系对文件以及得分文件夹
    lncRNA_mRNA_reactive   lncRNA_mRNA_score
（5）模块内lncrna调控mrna关系图
    module_relation_plots