====== 一、脚本介绍 ======
ParaAT是中科院基因组所张章课题组在2012年开发，2014年更新了2.0版本，是一个perl脚本。

软件特点：ParaAT（并行比对与反向翻译）能够处理大量同源组。ParaAT 的特点是可以并行构建多个蛋白质编码 DNA 比对，因此非常适合高通量时代的大规模数据分析。

软件分析步骤:1.蛋白序列比对 2.根据蛋白比对结果回译成codon对应的核酸比对结果 3.计算kaks值

====== 二、软件下载 ======
下载地址：https://ngdc.cncb.ac.cn/tools/paraat

  wget https://download.cncb.ac.cn/bigd/tools/ParaAT2.0.tar.gz
  tar -zxvf ParaAT2.0.tar.gz
  cd ParaAT2.0
  ParaAT.pl -h
  
依赖下载工具：

1.蛋白比对工具：如clustalw2、mafft、muscle等

2.Kaks_Calculator（https://ngdc.cncb.ac.cn/tools/kaks）


====== 三、数据准备 ======

1.同源基因列表

2.fasta格式的氨基酸序列文件和核苷酸序列文件（两个文件中对应的序列以及同源基因列表中的对应基因ID要完全相同）

3.多线程运行文件

软件使用参数

{{:paraat.png?400|}}




====== 四、流程执行 ======

分析一：ParaAT计算Ka/Ks
  ParaAT.pl -h test.homologs -n test.cds -a test.pep -p proc -m muscle -f axt -g -k -o result_dir 
  #proc文件必须与输出位置在同一个目录下，不然会报错

分析二：ParaAT输出paml格式文件用于dN/dS分析
  perl ParaAT.pl -h ogroups.new.txt -n all.cds -a all.pep -p proc -m clustalw2 -f paml -g -o result_dir


====== 五、分析结果 ======

分析结果展示:

{{:parat2.png?400|}}