====== Phage BOX 介绍 ====== Phage BOX 是一个用于噬菌体相关任务的 Python 库 用于 噬菌体鉴定、分类、宿主预测、生活方式预测 ====== 使用方法 ====== 示例 source /TJPROJ1/META_ASS/soft/anaconda3/bin/activate /TJPROJ1/META_ASS/soft/PhaBox /TJPROJ1/META_ASS/soft/PhaBox/bin/python /TJPROJ1/META_ASS/soft/PhaBox/PhaBOX/main.py --contigs /TJPROJ1/META_ASS/PreSaleEvaluation/COBRA_AMGs_host/VIBRANT/CK.1.4/VIBRANT_CK.1.4.scaftigs.new/VIBRANT_phages_CK.1.4.scaftigs.new/CK.1.4.scaftigs.new.phages_combined.fna --threads 8 --len 3000 --rootpth PhaBOX_result --out out/ --dbdir /TJPROJ1/META_ASS/soft/PhaBox/PhaBOX/database/ --parampth /TJPROJ1/META_ASS/soft/PhaBox/PhaBOX/parameters/ --scriptpth /TJPROJ1/META_ASS/soft/PhaBox/PhaBOX/scripts/ ====== 结果说明 ====== phage_contigs.fa 噬菌体序列的预测结果 cherry_prediction.csv CHERRY预测的Host预测结果 phagcn_prediction.csv 噬菌体科级分类结果 phamer_prediction.csv 噬菌体预测结果 phatyp_prediction.csv 噬菌体生物方式预测 ===== Phamer ===== Accession：contigs 的名称或 ID。 Length ：contigs的长度。 Pred ：PhaMer的识别结果。有三种可能的预测： 噬菌体/非噬菌体/已过滤（序列长度短于阈值） Score ：范围从[0, 1]。这个十进制数表示被PhaMer预测为噬菌体序列的概率。值越高，contig 为噬菌体序列的概率就越高。 ===== PhaTYP ===== Accession：contigs 的名称或 ID。 Length ：重叠群的长度。 Pred ：PhaTYP预测的生活方式分类结果，一共有四种结果： Temperate phage(温和噬菌体)/Virulent phage(强毒噬菌体)/Unkonwn 未知（没有足够的证据来预测生活方式）/Filtered 已过滤（序列长度短于阈值） Score ：小数表示PhaTYP 预测为温和/毒性噬菌体的概率。分数范围为 [0, 1]。 ===== PhaGCN ===== Accession：contigs 的名称或 ID。例如，如果 contig 的 header 是k141_contig1。那么名称或 ID 将为141_contig1。 Length ：重叠群的长度。 Pred ：PhaGCN预测的科级分类结果。结果有四种： Family taxa of the phage (噬菌体的科分类群)/Unnamed_family（ICTV 2022 中没有科分类单元的噬菌体）/Unkonwn 未知（没有足够的证据来预测分类单元）/Filtered 已过滤（序列长度短于阈值） 如果出现“No_family_avaliable”的情况，我们将输出最相似的噬菌体的接入以供参考。分数将是身份*覆盖率。 Score ：小数表示成为PhaGCN预测的 家族中噬菌体的概率。 ===== Cherry ===== Accession：contigs 的名称或 ID。例如，如果 contig 的 header 是k141_contig1。那么名称或 ID 将为141_contig1。 Length ：重叠群的长度。 Pred ：CHERRY预测的Host预测结果，一共有三种结果： The name of the host (宿主名称)/Unkonwn 未知（没有足够的证据来预测宿主）/Filtered 已过滤（序列长度短于阈值） 分数 ：小数表示细菌成为 CHERRY 预测的查询重叠群宿主的概率。 类型：预测类型有两种： “CRISPRs”表示结果由 CRISPRs 数据库注释 “Pred” 表示结果由计算预测注释 ====== 参考地址和网址 ====== 参考分析路径：/TJPROJ1/META_ASS/PreSaleEvaluation/COBRA_AMGs_host/PhaBOX git网址：https://github.com/KennthShang/PhaBOX 在线分析网址：https://phage.ee.cityu.edu.hk/ 引用： Jiayu Shang, Cheng Peng, Herui Liao, Xubo Tang, Yanni Sun, PhaBOX: a web server for identifying and characterizing phage contigs in metagenomic data, Bioinformatics Advances, Volume 3, Issue 1, 2023, vbad101, https://doi.org/10.1093/bioadv/vbad101