====== 需要配置的文件 ====== picrust2ko预测结果中level2层级的绝对丰度表: - 如果存在分析路径,即为functionPrediction/picrust2/KO_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat.tsv.gz - 如果是交付路径,即为functionPrediction/functionResult/picrust2/predicted/KO_metagenome_descrip.tsv,需要删除第二列注释信息,按照第三步脚本处理 - 删除压缩脚本为 awk 'BEGIN {FS="\t"; OFS="\t"} { $2=""; sub("\t\t", "\t"); print $0 }' KO_metagenome_descrip.tsv | gzip > pred_metagenome_unstrat.tsv.gz 样本信息:sample.list 分组信息:group.list 韦恩图分组信息:venn_group.list 组间物种差异性分组信息:vs_group.list ====== 主脚本 ====== ''/TJPROJ7/META_ASS/16s/chenlei/jiaoben/Picrust2/bin/picrust2.py'' ====== 运行脚本 ====== 复制修改''/TJPROJ7/META_ASS/16s/chenlei/jiaoben/Picrust2/work.sh''下的配置文件路径(可以添加柱状图展示个数-bar_top参数和热图展示个数-heat_top参数)直接sh运行,刷出输出路径的log目录,会提示已创建修改权限:change_mod.sh,请优先运行修改权限脚本。 sh change_mod.sh 进入log,运行toudi.sh即可跑完全部分层级和可视化步骤 ''/TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/HUMANn3/software/conda/envs/python3/bin/python /TJPROJ7/META_ASS/16s/chenlei/jiaoben/Picrust2/bin/picrust2.py \ -i /TJPROJ7/META_ASS/16s/chenlei/script/picrust2_level/pred_metagenome_unstrat.tsv.gz \ -o /TJPROJ7/META_ASS/16s/chenlei/jiaoben/Picrust2/test \ -sl /TJPROJ7/META_ASS/16s/chenlei/script/picrust2_level/sample.list \ -gl /TJPROJ7/META_ASS/16s/chenlei/script/picrust2_level/group1.list \ -vs /TJPROJ7/META_ASS/16s/chenlei/script/picrust2_level/venn_group1.list \ -tl /TJPROJ7/META_ASS/16s/chenlei/script/picrust2_level/vs_group1.list''