======qiime2 network边点文件提取======
qiime2流程的network,我们只交付了过滤前的边点文件,现有老师需求交付用于绘图的边点文件,且可以直接导入到Gephi软件中,现编写了相关脚本可以直接提取边点文件。
相关流程步骤如下:
======准备工作======
**1. 将首次分析的中间文件拷贝到当前目录(如果涉及大量样本,需要写脚本批量处理)**
包括以下几个文件:
genus.network.dot #绘图文件
genus.spearman.index.list #边文件
genus.detail.xls #点文件的前置文件
======运行步骤======
**1. 生成边文件:**
perl /TJPROJ5/META_ASS/16s/chenjiawei/script/qiime2-new/network/shaixuan.pl \
genus.network.dot \ ###输入绘图文件
genus.spearman.index.list \ ###输入原交付的边文件
edge.xls \ ###输出新生成的边文件
node.ori.xls \ ###输出新生成的点文件前置文件
total.xls ###输出正负边比例
**2. 生成点文件:**
perl /TJPROJ5/META_ASS/16s/chenjiawei/script/qiime2-new/network/node.pl \
genus.detail.xls \ ###输入原点文件的前置文件
node.ori.xls \ ###输入新生成的点文件前置文件
node.xls ###输出新生成的点文件
测试路径:
/TJPROJ7/META_ASS/16s/chenjiawei/X101SC22043097-Z01/X101SC22043097-Z01-J165/network-20240426