======简介======
端粒序列是染色体末端的特定DNA序列，主要功能是保护染色体免受损伤和防止DNA末端的逐渐丢失。端粒序列由重复的短DNA片段组成，在人类和许多其他生物中，这些重复序列的典型形式是TTAGGG。
具体来说，端粒的主要特点和功能包括：
重复序列：端粒由简单的、富含鸟嘌呤（G）的重复序列组成。在人类中，端粒序列通常是5'-TTAGGG-3'的重复序列，长度可以达到数千个碱基对。
保护染色体：端粒保护染色体的末端，防止它们被误认为是DNA损伤并被修复机制错误地处理。此外，端粒防止染色体末端之间的融合。
与细胞衰老有关：每次细胞分裂时，由于DNA复制机制的限制，端粒序列会变短。当端粒变得过短时，细胞无法再正常分裂，这与细胞衰老和死亡（程序性细胞死亡）有关。
研究意义：端粒和端粒酶是癌症、老化和遗传疾病研究的热点，因为它们在细胞寿命和基因稳定性中扮演着关键角色。

======功能======
QMotif 是一种用于识别和分析基因组数据中重复序列和基序（motif）的生物信息学工具。它的主要功能包括：

1.识别基序：QMotif 可以在大量的序列数据中快速识别出特定的基序，这对于理解基因调控和功能区域非常重要。
2.基序搜索：用户可以输入特定的基序，QMotif 会在提供的序列数据中搜索这些基序的位置和频率。
3.可视化：工具通常提供可视化功能，以便用户可以直观地查看基序在基因组中的分布情况。
4.统计分析：QMotif 能够进行各种统计分析，如基序的富集分析，帮助用户理解基序在不同条件下的显著性和功能。
支持多种输入格式：通常支持多种常见的生物信息学数据格式，如FASTA、BED等，方便用户进行数据输入和输出。
======数据准备======
肿瘤样本的bam数据。

======数据分析======
1 示例路径======
/TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/hongxiang/05.AFS/qMotif
======
2 分析脚本
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索引构建
在进行分析之前，需要构建参考基因组的微卫星索引。这个步骤通常只需要进行一次。
/PUBLIC/software/public/System/jre1.8.0_25/bin/java -Xmx20g -jar /TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/hongxiang/05.AFS/qMotif/bin/qmotif-1.2.jar \
            -n 8 \
            --bam ./result2/T23_308.final.bam \
            --bai ./result2/T23_308.final.bam.bai \
            --log ./result2/T23_308.final.bam.qmotif.log \
            -ini ./result2/qmotif.ini \
            -o ./result2/T23_308.final.bam.qmotif.xml \
            -o ./result2/T23_308.final.telomere.bam

配置文件
[PARAMS]
stage1_motif_string=TTAGGGTTAGGGTTAGGG
stage1_string_rev_comp=true
stage2_motif_regex=(...GGG){2,}|(CCC...){2,}
window_size=10000
includes_only=true

[INCLUDES]
; name, regions (sequence:start-stop)
chr1p   1:10001-12464
chr1q   1:249237907-249240620
chr2p   2:10001-12592
chr2q   2:243187373-243189372
chr2xA  2:243150480-243154648
chr3p   3:60001-62000
chr3q   3:197960430-197962429
chr3xB  3:197897576-197903397
chr4p   4:10001-12193
chr4q   4:191041613-191044275
chr5p   5:10001-13806
chr5q   5:180903260-180905259
chr6p   6:60001-62000
chr6q   6:171053067-171055066
chr7p   7:10001-12238
chr7q   7:159126558-159128662
chr8p   8:10001-12000
chr8q   8:146302022-146304021
chr9p   9:10001-12359
chr9q   9:141151431-141153430
chr10p  10:60001-62000
chr10q  10:135522469-135524746
chr11p  11:60001-62000
chr11q  11:134944458-134946515
chr12p  12:60001-62000
chr12q  12:133839458-133841894
chr12xC 12:93158-97735
chr13p  13:19020001-19022000
chr13q  13:115107878-115109877
chr14p  14:19020001-19022000
chr14q  14:107287540-107289539
chr15p  15:20000001-20002000
chr15q  15:102518969-102521391
chr16p  16:60001-62033
chr16q  16:90292753-90294752
chr17p  17:1-2000
chr17q  17:81193211-81195210
chr18p  18:10001-12621
chr18q  18:78014226-78017247
chr19p  19:60001-62000
chr19q  19:59116822-59118982
chr20p  20:60001-62000
chr20q  20:62963520-62965519
chr21p  21:9411194-9413193
chr21q  21:48117788-48119894
chr22p  22:16050001-16052000
chr22q  22:51242566-51244565
chrXp   X:60001-62033
chrXq   X:155257733-155260559
chrYp   Y:10001-12033
chrYq   Y:59360739-59363565

</code>
======交付结果======
<code>
<bases_containing_motifs count="21312"/>
从*qmotif.xml文件中将对应的count提取出来即可
</code>