======简介======
ROH(Regions of Homozygosity)是指基因组中的一段连续纯合区域。一般认为 ROH
受到近交、群体隔离、连锁不平衡等因素影响,也有研究认为 ROH 可能与选择相关。
======功能======
预测ROH
======数据准备======
单个样本的vcf文件
*.samtools.snp.vcf.gz
======数据分析======
1 使用vcftools将vcf文件转换成为 tped 文件
/TJPROJ2/RESEQ/share/software/vcftools_v0.1.14/bin/vcftools \
--gzvcf *.samtools.snp.vcf.gz \
--plink-tpe \
--out * --plink-tped \
--out meihualu152
* 为样本名称
2 使用plink 根据 tped和tfam 计算ROH
/TJPROJ2/RESEQ/share/software/PopEvolution/software/plink-1.07-x86_64/plink \
--noweb \
--tped *.tped \
--tfam *.tfam \
--allow-no-sex \
--homozyg-density 5 \
--homozyg-window-het 1 \
--homozyg-window-kb 100 \
--homozyg-window-snp 10 \
--homozyg-kb 100 \
--homozyg-snp 5 \
--dog \
--homozyg-group \
--out *
* 为样本名称
示例脚本:
/TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/liangjifeng/QunTiJinHua_afssale/ROH_RegionsofHomozygosity/roh_major_run.sh