====== mRNA和miRNA关联分析脚本适用说明 ======
针对转录组（有参、无参、医口）和sRNA测序分析都设置了相同比较组合的几组比较才能进行关联分析,并且小RNA与转录组中处理与对照的方式必须一致，eg:小RNA比较组合为，AvsB,CvsD,则对应的mRNA必须也为AvsB,CvsD,则关联分析为sRNA的比较组AvsB与转录组的AvsB
====== 使用说明 ======
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perl    /TJPROJ6/NC_BG_SH/personal_dir/lihang/asso/miRNA_mRNA/new/custom_sRNA_analysis.new.pl \
参数：
-project        合同编号-拉丁名(新增参数)
-od             生成结果目录,必须为绝对路径；
-asso           是否做关联分析,必填”y”;
-type           “Ref”、“NoRef”、”med“;
-t              "animal"或"plant"
-mirna          miRNA差异分析结果目录，例如： /TJPROJ1/RNA/jinchuan/NHR140074_ji_sRNA/11.diff/gga
-mrna           mRNA差异分析结果目录，
                例如： 有参为：/TJPROJ1/RNA/jinchuan/NHR140074_ji_ref/Diff_TR/Diff
                      无参为：/TJPROJ1/RNA/caochenlong/Projects/NHR140030_12yaoyongzhiwu_noref/DIFF_EXP/Diff_analysis.out
                      医口为：结果文件目录/3.Differential/Differential/DEGlist
-union          为转录组差异分析中做热图的输入文件DEG_union_for_cluster绝对路径（新增参数）
-mirnacn        miRNA比较组合名，例如：WhivsBla,WhivsRee,WhivsHem
-mrnacn         mRNA比较组合名，例如：WhitevsBlack,WhitevsReed,WhitevsHemp
                备注：miRNA比较组合与mRNA比较组合必须是同一个比较组,顺序必须一一对应；
-assotype       与miRNA分析的关联类型，有参填 “ref”，有参DGE填”refDGE”，无参填”noref”，无参DGE填”norefDGE”, 医口填“med”
-pairs          miRNA与靶基因的pairs(第一列miRNA ID,第二列gene ID);
                例如：/TJPROJ1/RNA/jinchuan/NHR140074_ji_sRNA/10.target/gga/gga_mature.miranda_targets_gene.pairs
-ann            genename 文件,无参为Blast_Swissprot.xls文件
-go             go 注释文件,无参为ANNOTATION_ALL/*.go.txt
-genome         参考基因组文件,有参必填
-gtf            gtf注释文件，有参必填
-species        kegg物种缩写,有参必填
-ko             无参必填，用ANNOTATION_ALL/koID.annotation
-len            无参必填,用TRINITY/assembly_INFO/geneINFO
-refdir         sRNA基因组文件路径，例如：/TJPROJ11/GB_TR/reference_data/new_pip/Animal/Mus_musculus/Mus_musculus_Ensemble_97/sRNA
</code>
====== 运行方式 ======
本地运行脚本，在输出目录下生成名为Association的目录，在Association目录下运行nohup sh run_association_analysis.sh &
一般运行几个小时，之后检查Association/result 和report中是否生成结果；