======简介======
Tajima’s D是由日本研究员Fumio Tajima创建的群体基因检验统计数据，可以用于区分DNA序列是随机进化还是受到自然选择。大于0代表群体观测杂合度高于预期杂合度，稀有等位基因频率降低（群体收缩或者平衡选择），小于0说明群体观测杂合位点少于预期值，稀有等位基因频率增加（群体扩张或者低频选择）
======功能======
群体基因检验统计，计算Tajima’D值和Pi值，并可视化
======数据准备======
1 群体的vcf文件/ --gzvcf 压缩格式的群体vcf 文件

======数据分析======
脚本示例 ：
/TJPROJ2/RESEQ/share/software/vcftools_v0.1.14_step/bin/vcftools   \
    --gzvcf goose-dp5-miss0.2-maf0.05.vcf.gz    \
    --TajimaD 20000    \
    --step 10000     \
    --out    goose
<code>
library(ggplot2)

data<-read.table("all_Tajima.D3",header=T)

pdf("all_TajimaD.pdf",width=15,height=15)
head(data)
#data1<-filter(data,CHROM!="YY")
data$CHROM<-factor(data$CHROM,)
p <- ggplot(data,aes(x=BIN_START/1000000,y=TajimaD,color=sample))+ facet_wrap(data$sample,ncol=1)+ geom_line(size=0.5) + xlab("Chromosome")+ ylab("TajimaD")
#p <- ggplot(data,aes(x=CHROM,y=TajimaD,color=CHROM)) + geom_line(size=0.5) + xlab("Chromosome1 (Mb)")+ ylab("TajimaD")

p + theme_bw(base_size = 20) + theme(plot.margin = margin(t = 1, r = 1, b = 2, l = 1, unit = "cm"))

dev.off()
</code>
PI分析同上