======简介======
Tajima’s D是由日本研究员Fumio Tajima创建的群体基因检验统计数据,可以用于区分DNA序列是随机进化还是受到自然选择。大于0代表群体观测杂合度高于预期杂合度,稀有等位基因频率降低(群体收缩或者平衡选择),小于0说明群体观测杂合位点少于预期值,稀有等位基因频率增加(群体扩张或者低频选择)
======功能======
群体基因检验统计,计算Tajima’D值
======数据准备======
1 群体的vcf文件/ --gzvcf 压缩格式的群体vcf 文件
======数据分析======
脚本示例 :
vcftools --vcf 20F.vcf --TajimaD 500000 –step 250000--out TajimaD
/TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/liangjifeng/QunTiJinHua_afssale/TajimaD/TajimaD_major.sh
结果解读:
结果目前只输出统计结果表格:四列:
第一列:CHROM ,计算窗口所在染色体/scaffold,
第二列 :BIN_START,窗口起始位置,
第三列 :N_SNPS ,窗口中的SNP 个数,
第四列 :TajimaD ,TajimaD计算结果。