===== 测试 =====

脚本路径：
  /TJPROJ6/RNA_SH/script_dir/TE
  
测试路径：
  /TJPROJ6/RNA_SH/script_dir/TE

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==== 测试准备 ====
准备文件：
  *参考基因组
  *甲基化流程分析路径/报告
  *最少需要老师提供sort.bam文件

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==== 刷流程脚本 ====
准备参考基因组 **run.sh,prepare.sh**\\
run.sh
       python /TJPROJ6/RNA_SH/script_dir/TE/reference/index_go_genenamefile.py \
         --fa /TJPROJ6/RNA_SH/script_dir/TE/reference/Rs_1.0.chromosomes.fix.fasta \(参考基因组fa文件)
         --gtf /TJPROJ6/RNA_SH/script_dir/TE/reference/Rs_1.0.Gene.LFY.gff \(gff文件)
         --dir /TJPROJ6/RNA_SH/script_dir/TE/reference/ \ (输出路径)
         --n 1,2,3 
bin文件夹内刷出流程，修改sjm_job内投递节点即可（原流程无节点）\\
prepare.sh
       python /TJPROJ6/RNA_SH/script_dir/TE/reference/Ref_prepare_v2.2.py \
         --genome /TJPROJ6/RNA_SH/shouhou/202205/P101SC18020745-01/reference \ (fa文件存放文件夹)
         --gtf /TJPROJ6/RNA_SH/shouhou/202205/P101SC18020745-01/reference/Rs_1.0.Gene.LFY.gff \ (gff文件）
         --goann /TJPROJ6/RNA_SH/shouhou/202205/P101SC18020745-01/reference/go.txt \ (go.txt输出位置)
         --format gff \ 
         --CGI no \
         --repeats yes \
         --species Alternaria_alternata \ (物种/PUBLIC/source/RNA/WGBS_V7/Module/0.Prepare/Species.txt里有的)
0.log文件夹内输出流程，修改内部节点为rnash.q投递prepare.JOB
准备参考基因组后Genome_Reg/all/文件夹下需要有exon.bed,repeat.bed两个文件\\

TEs准备文件夹0.prepare **prepare.sh**\\
prepare.sh
    perl  /TJPROJ6/RNA_SH/script_dir/TE/associate_prepare.pl  \
         
         -beddir /TJPROJ6/RNA_SH/shouhou/202205/P101SC18020745-01/reference/ \ (参考基因组文件夹,下层一定要Genome_Reg/all)
         -methydir /TJPROJ6/RNA_SH/shouhou/202205/P101SC18020745-01/ \ (包含2.Map_Methy的目录,2.Map_Methy下需要有CX_report.txt，或者CX_report.txt_sorted.gz)
         -outdir /TJPROJ6/RNA_SH/shouhou/202205/P101SC18020745-01/0.prepare \ (输出文件夹)
         -Biorepeat yes  \ (是否有生物学重复)
         -group YH_1:YH_2,F1_1:F1_2,LU127_1:LU127_2 \ (样本组内以:隔开，样本组间以,隔开)
         -groupname YH,F1,LU127 \ (样本组名)
         -compare 3:2,1:2,3:1 \ (比较组合)
0.prepare/log文件夹内刷出TE_Analysis_prepare.JOB流程修改内部节点投递

TE_level提交老师结果**part1.sh**\\
part1.sh
  perl /TJPROJ6/RNA_SH/script_dir/TE/region_level.plot.V2.pl \
     --prepare_dir /TJPROJ6/RNA_SH/shouhou/202205/P101SC18020745-01/0.prepare \ (0.prepare路径）
     --groupname YH,F1,LU127 \ (样本组名)
     --compare 3:2,1:2,3:1 \ (比较组合）
     --outdir /TJPROJ6/RNA_SH/shouhou/202205/P101SC18020745-01/1.TE_level (输出路径)
sh part1.sh出结果


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TEs分析包含2.Diff_TE 3.Enrich_TE但从大约2022年一月份开始差异富集TE分析未成功过本次测试不予测试\\
老师给sort.bam文件生成CX_report将在其他网页更新\\
本次测试在测试路径下未完成后续持续更新\\