====== 结合TCGA数据库中某个癌症数据进行TMB肿瘤突变负荷分析 ======
===== mRNA =====

===== 脚本使用 =====
  sh /TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/liuyan/2022_Q4/TMB.sh
需要在run.sh内修改部分读入文件
  第一步：需要在https://portal.gdc.cancer.gov/repository TCGA数据库中下载关注疾病的maf文件
  
  第二步：将脚本中maf文件改为本次分析的文件名，sh /TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/liuyan/2022_Q4/TMB.sh
  
=======结果展示=============================================
使用maftools包，输出的txt文件

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{{ :blca.txt |}}
第三列为TMB值了,第四列是取log后的TMB值

=======参考资料==============================================
参考[[https://www.jianshu.com/p/5ef9fed706ca]]TMB 与免疫浸润联合分析

参考[[https://www.jianshu.com/p/155c166e7904]] TCGA肿瘤突变负荷分析

maf格式数据可有SNP中vcf文件整理成maf格式：ANNOVAR的VCF注释+Maf文件整理 SnpEff对VCF文件注释后，需要配合使用snpeffToMaf.pl转为MAF格式 测试过SnpEff转的maf无法直接用 ，本次个性化工单选了TCGA数据库现成的maf文件
/TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/liuyan/2022_Q4/有snpeffToMaf.pl脚本