====== VIRGO数据库串写及分析说明文档整理 ======
===== 一、数据库简介 =====
VIRGO网站：https://virgo.igs.umaryland.edu/
VIRGO是人类阴道微生物群落的非冗余基因目录。它是用宏基因组和尿源分离基因组序列的组合构建的。VIRGO可以用来描述阴道宏基因组和宏转录组数据集的分类和功能组成。
===== 二、测试路径 =====
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/TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/VIRGO-20220530/example/
</code>
===== 三、运行脚本 =====
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#配好01.CleanData后依次运行以下脚本
VIRGO.step1.sh #需要修改该脚本中的样本名称 
VIRGO.step2.sh
</code>
===== 四、说明文档 =====
（1）将宏基因组样本的读数映射到VIRGO并呈现结果（VIRGO尚不支持双端映射，所以将双端读取合并到一个fastq文件中进行分析，结果文件为sample.out）。
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sample.out文件：
第1列是 VIRGO 基因 ID
第2列是映射到 VIRGO 数据库的读取数
第3列是基因长度。文件按读取映射列的数量排序。
</code>
{{:a1.png?400|}}

（2）汇总多个样本的统计信息。
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summary.Abundance.txt：每个物种的读取次数
summary.Count.txt：每个物种的基因数量
summary.Percentage.txt：每个物种的标准化丰度百分比（总计 100）
summary.geneRichness.txt：每个样本的基因数
summary.NR.abundance.txt：每个非冗余基因的读取次数
gene.lst.txt：具有基因长度的非冗余基因列表
EggNOG.annotation.txt：每个样本的 EggNOG 注释文件
EC.annotation.txt：具有 EC 编号的非冗余基因列表
GC.txt：具有基因计数类别的非冗余基因列表（HGC：高基因计数，LGC：低基因计数）
geneProduct.txt：带有基因产物注释的非冗余基因列表
Kegg.module.annotation.txt：带有 KEGG 模块注释的非冗余基因列表，包括模块 ID 和注释
Kegg.ortholog.annotation.txt：带有 KEGG 直向同源 (KO) 注释的非冗余基因列表，包括直向同源 ID 和注释
Kegg.pathway.annotation.txt：带有 KEGG 通路注释的非冗余基因列表，包括通路 ID 和注释
proteinFamily.annotation.txt：具有蛋白质家族注释的非冗余基因列表，来自 CDD、GO、Gene3D、Hamap、Interpro、MobiDBLite、PIRSF、PRINTS、Pfam、ProDom、ProSitePatterns、ProSiteProfiles、SFLD、SMART、SUPERFAMILY、TIGRFAM的数据库
rxn.annotation.txt：具有 KEGG 反应的非冗余基因列表
</code>
{{:a2.png?400|}}

{{:a3.png?400|}}