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SNP 构树

http://39.106.215.109/dokuwiki2/doku.php?id=售后:snp_构树
1 参考文献 snp构树.pdf

2.分析内容


方法

根据重测序脚本修改：筛选每个样品的reads 支持reads>6,单突变位点，利用兼并位点转化snp 为碱基序列，然后生成一致性序列，treebest 构树 \

脚本

python  /BJPROJ/RNA/shouhou/script_dir/others/SNP/snp.py  
--vcf vcf 文件
--prefix snp 结果前缀
--group sample与组名，顺序需要与snp 的表头一致

结果