deeptools工具，可以将bam文件转化bw文件，主要有两个命令bamCoverag和bamCompare，两者的区别在于bamCoverage是对单个bam文件进行转换，而bamCompare接受两个bam文件，生成两者信号比值的bw文件。

/TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/zhangxin/miniconda/envs/python_3.7.0/bin/bamCoverage
/TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/zhangxin/miniconda/envs/python_3.7.0/bin/bamCompare

我们chip项目遇到绘图时input样本信号比ip样本高的情况，可能是生成bw的软件导致的，这时可以使用deeptools重新生成bw文件。转录组的bam也可以直接转化成bw。

/TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/zhangxin/miniconda/envs/python_3.7.0/bin/bamCoverage --bam a.bam -o a.bw --binSize 50 --normalizeUsing RPKM 

区分正负链

/TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/zhangxin/miniconda/envs/python_3.7.0/bin/bamCoverage --bam a.bam -o a.forward.bw --binSize 50 --normalizeUsing RPKM --filterRNAstrand forward
/TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/zhangxin/miniconda/envs/python_3.7.0/bin/bamCoverage --bam a.bam -o a.reverse.bw --binSize 50 --normalizeUsing RPKM --filterRNAstrand reverse